31 декабря 1815 году был произведён в капитаны, а 18 ноября 1816 года — в майоры. На военной службе Христофор Христофорович находился до 17 января 1818 года, когда, вследствие старого ранения, был уволен из армии с чином подполковника.
После увольнения из армии Христофор Христофорович продолжил службу в гражданских ведомствах в чине надворного советника. В январе 1820 г. Х. Х. Книпер был назначен смотрителем Кавказских Минеральных Вод. В этой должности он состоял до февраля 1821 года.
12 октября 1823 года Христофор Христофорович был определён казначеем Московской комиссариатской комиссии. В 1824 году он получил чин коллежского советника, а в 1832 году — статского советника. В должности казначея Московской комиссариатской комиссии он пробыл до 6 июня 1844 года. По состоянию здоровья он был вынужден уйти с должности казначея, и работал до смерти 23 июня 1850 г. чиновником при той же комиссариатской комиссии. За время своей работы был награждён орденами Святой Анны 2-й степени и Святого Станислава 2-й степени, а также знаками отличия за безупречную службу за 25 и 30 лет.
Краткая биография Х. Х. Книпера составлена его правнуком, Всеволодом Николаевичем Арнольдом, в 1971 году по сохранившимся формулярным спискам и «Домашней книге» Книперов. Нагрудный фрачный знак к золотой шпаге «За храбрость» хранится в семье потомков Христофора Христофоровича.
Семья
Жена ─ Александра Антоновна (ур. Марцинкевич) (1803 ─ 6.04.1878)
Дети:
1. Виктор (31.10.1825 ─ 1.10.1892);
2. Наталья (27.09.1831 ─ 29.09.1911), мать художника А. Н. Степанова
3. Лидия (16.10.1832 ─ 1916)
4. Николай (4.12.1833 ─ 1899)
5. Александр (28.06.1835 ─ 1883)
6. Софья (5.06.1836 ─ 15.12.1895)
7. Лев (1838 ─ ?)
8. Константин (15.03.1839 ─ 15.02.1898)
9. Сергей (13.06.1840 ─ 1916)
10. Ольга (1841 ─ 1849)
11. Фёдор (18.10.1842 ─ 1920)
12. Иван (19.05.1844 ─ 2.01.1925 н. с.).
Источники
Княжнин Б. Я. Биографии штаб и обер-офицеров Гренадёрского графа Аракчеева полка, СПБ, 1816 г.
Попов Н. Н. История 2-го Гренадерского Ростовского полка, М., 1889.
Ранцов В. В. История 96-го пехотного Омского полка, СПБ, 1902.
Бородино. Документы, письма, воспоминания, М., 1962 г.
«Список прямых потомков Генералов, Штаб- и Обер-офицеров, по мужской линии, участников Бородинского сражения и Отечественной войны». ГА РФ (Ф. 816. Оп. 1. Д. 191. Лл. 102 ─ 123 об.)