↑ Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, обновлено по состоянию на 30 августа 2023 года.
Начал карьеру в футбольной академии клуба «Бенфика», поначалу играя в футзал и футбол «7 на 7». В 2011 году покинул столицу и выступал за молодёжные команды команд «Каса Пиа» и «Реал Келуш». В составе «Реала» дебютировал за профессиональном уровне в четвёртом дивизионе Португалии. В начале 2014 года Кардозу подписал контракт с испанским «Депортиво Ла-Корунья», где для получения игровой практики начал выступать за резервную команду «Депортиво Фабриль»[3]. 12 декабря 2015 года в матче против «Барселоны» дебютировал за основной состав в Ла Лиге, заменив во втором тайме Хуанфрана[4].
Летом того же года на правах свободного агента перешёл в «Тонделу»[7]. 13 августа в матче против «Бенфики» дебютировал за новую команду[8]. 11 декабря в поединке против «Насьонал Фуншал» Мигел забил свой первый гол за «Тонделу»[9].
Летом 2018 года Кардозу перешёл в московское «Динамо», подписав контракт на 4 года[10]. 2 сентября в матче против «Оренбурга» (2:0) дебютировал в РПЛ, заменив в конце игры Фёдора Черных[11]. 14 сентября в поединке против столичного «Локомотива» Мигел забил первый гол за «Динамо»[12].
19 февраля 2020 года на полгода уходит в аренду в «Тамбов». У Мигела получается сыграть на поле за новую команду лишь 5 минут в матче 1 марта против «Рубина».
Летом 2021 года Кардозу расторг контракт с «Динамо» по обоюдному согласию сторон[13]. Вскоре после этого футболист подписал контракт к клубом Турецкой Суперлиги «Кайсериспором.