Во время первых лет военно-морской службы Каллаган ухаживал за Мэри Торми (англ.Mary Tormey), и 23 июля1914 года Дэниел с Мэри поженились в Окленде. 16 октября1915 года в Аламеде у них родился сын, Дэниел Джадсон Каллаган-младший.
В июле 1915 года, во время перехода к Аляске, «Тракстан», которым командовал Дэниел Каллаган, сломался и не смог продолжить свою миссию. Первоначально вина за это легла на Каллагана: он был отстранён от должности и должен был предстать перед военным трибуналом. Однако при последующем расследовании выяснилось, что ответственность за ошибки принадлежит другому человеку. Каллаган был оправдан и восстановлен в должности командира «Тракстана».
Первая мировая война
В ноябре 1916 года Каллаган командует крейсером «Нью-Орлеан» (CL-22 USS New Orleans), и когда в апреле 1917 года США вступает в Первую мировую войну, USS New Orleans, под командованием Каллагана, активно занимается доставкой и сопровождением грузов через Атлантику.
В мае 1941 года Рузвельт назначил Каллагана командиром тяжелого крейсера «Сан-Франциско» (CA-38 San Francisco), типа «Нью-Орлеан». Затем Каллаган служил начальником штаба Роберта Ли Гормли, командующего южной части Тихого океана и сил Океании. В апреле 1942 года Дэниел Каллаган получил звание контр-адмирала[3].
В ноябре 1942 года Дэниел Каллаган возглавил соединение кораблей, которому поручалось обеспечение высадки американского десанта на Гуадалканале. В эскадру входили тяжелые крейсера «Сан-Франциско» и «Портленд», а также лёгкие крейсера «Елена» (CL-50 USS Helena), «Джуно» (CL-52 USS Juneau) и «Атланта» (CL-51 USS Atlanta). 13 ноября 1942 года[3] после обнаружения крейсером «Елена» японских кораблей близ острова Саво, Каллаган не смог вовремя организовать атаку[4], в результате чего противник перехватил инициативу и вывел из строя крейсер «Атланта» (который затем по ошибке обстрелял «Сан-Франциско», приняв его за корабль противника).
Тяжелый крейсер «Сан-Франциско» был атакован японским линейным крейсером «Кирисима», один из снарядов попал на капитанский мостик, погубив контр-адмирала Каллагана практически со всем его штабом[5]. После взрыва командование принял капитан-лейтенант Брюс МакКэндлесс (англ.Bruce McCandless) и отдавал приказы от имени Каллагана. Несмотря на гибель большинства старших офицеров, сражение закончилось победой союзников.
Каллаган был похоронен в море. За действия во время сражения Каллаган был посмертно награждён медалью Почёта (медаль принял лейтенант Дэниел Каллаган-младший).