По окончании войны и тяжелого заболевания, перенесённого в 1945 году, Кайзер решил начать жизнь заново и получил вокальное образование в Дрезденской высшей музыкальной школе. Служил оперным певцом-тенором в Театре на Ноллендорфплац. В 1951 году вновь вернулся в архитектуру и работал во 2-й мастерской Немецкой архитектурной академии. Его карьера развивалась стремительно. Вступив в СЕПГ, Кайзер работал в 1952—1953 годах главным архитектором Сталинштадта и выступил автором второго жилого комплекса в нём. В 1955—1958 годах он работал в бюро главного архитектора Восточного Берлина. В 1962 году Йозеф Кайзер возглавил коллектив, работавший над проектом второго этапа застройки Карл-Маркс-аллее в Берлине (ансамбль между Штраусбергер-плац и Александерплац).
В 1969—1972 годах Кайзер преподавал в Веймарской высшей школе архитектуры и строительства. В 1973 году занимал должность главного архитектора и личного советника директора управления специальных строительных объектов в Восточном Берлине.