Клуб создан в 2011 году[1]. В сезоне 2011-12 года команда заявлена во второй дивизион МХЛ[2]. 15 сентября 2011 года ХК «Балтика» был принят в состав участников Первенства МХЛ[3]. Бюджет клуба составляет 800 тысяч евро. Дебют литовцев в МХЛ состоялся 22 сентября 2011 года в Вильнюсе на арене «Vilnius Pramogų» матчем с командой «Зеленоград»
[4][5].
По итогам регулярного чемпионата команда заняла в дивизионе «Запад» второе место, а среди всех команд пятое.
В первом раунде плей-офф в соперники команде из Литвы достался латвийский «Юниорс». Со счётом в серии 1:3 ХК «Балтика» прекратил своё выступление в плей-офф
[6].
По окончании первого сезона МХЛ-Б «Балтика» заняла 9 место в лиге
[7].
С октября 2012 года клуб принимает домашние матчи в Электренае[8].
В сезоне 2014/15 «Жальгирис» вернулся в Первенство МХЛ и занял пятое место в Западной конференции. В плей-офф команда уступила в трёх матчах московскомуЗеленограду. О дальнейшем существовании клуба неизвестно.
↑В МХЛ приняты девять клубов(рус.). Пресс-служба Молодёжной хоккейной лиги (15 сентября 2011). Дата обращения: 24 августа 2012. Архивировано 19 августа 2012 года.