Основные труды учёного касались области индоевропейского и финно-угорского языкознания; среди многочисленных работ изданных Доннером наиболее известны следующие: «Cosmogonie des Hindous comparée à celle des Finnois» (1865); «Vergleichendes Wörterbuch der finnisch-ugrischen Sprachen» (1874—1884); «Die gegenseitige Verwandschaft der finnisch-ugrischen Sprachen» («Acta Societatis scientiarum fennicae», 1880, том XI); «Sur les Contrées de la Russie autrefois occupées par les Finnois» («Acta Societatis scientiarum fennicae», 1875); «Lieder der Lappen» (с финским и немецким переводами, 1876)[7].
Отто Доннер умер 17 сентября 1909 года в Гельсингфорсе.
Его сын Кай пошёл по стопам отца и тоже посвятил свою жизнь науке[10].
↑Астафьев В. В. Общество археологии, истории и этнографии при Казанском университете и его уникальный опыт интерпретации исторических памятников // Вопросы музеологии. — 2011. — № 1 (3). — С. 81-85.