В заповедную зону парка (99,4 тыс. га) доступ посетителям запрещён. Особо охраняемая зона (185,9 тыс. га) предназначена для регулируемых организованных посещений. В зоне хозяйственного назначения (1,2 тыс. га) осуществляется хозяйственная деятельность, необходимая для обеспечения функционирования парка. Рекреационная зона (51,2 тыс. га) отведена для организации экологического туризма. Лесохозяйственная зона (54,1 тыс. га) отведена для лесовосстановления. Зона традиционного природопользования (76,3 тыс. га) выделена для поддержания системы традиционного природопользования местных жителей[4].
В начале XX века в Водлозерье насчитывалось 40 деревень с населением 2628 человек. По состоянию на 2005 год на территории Водлозерского парка находилось пять поселений, где проживало 547 человек. Также на территории парка действует Свято-Ильинская Водлозерская пустынь, расположенная в ансамбле Ильинского погоста.
Дирекция и административный центр национального парка расположены в Петрозаводске. В деревне КуганаволокРеспублики Карелии находится администрация Водлозерского филиала, в городе Онега — администрация Онежского филиала[7].
В Водлозерском парке впервые в России разработаны генеральный план и бизнес-план развития экотуризма, внедрены в практику международные принципы экотуризма[8].
Более десяти лет успешно действовала программа подготовки гидов-проводников для работы в дикой природе, которая реализовалась совместно с лесным отделением Ку́ру при колледже Тампере (Финляндия).
Ведутся научные исследования по трем направлениям:
Изучение и сохранение биоразнообразия экосистем, флоры и фауны Водлозерского национального парка как эталона естественных таежных ландшафтов европейского Северо-запада России;
Прошлое и настоящее населения Водлозерья и Поилексья;
Святые и святыни Русского Севера: Поонежье, Каргополье, Водлозерье, Заонежье[9].
↑Карелия: энциклопедия: в 3 т. / гл. ред. А. Ф. Титов. Т. 2: К — П. — Петрозаводск: ИД «ПетроПресс», 2009. — 464 с.: ил., карт. ISBN 978-5-8430-0125-4 (т. 2) — С. 270—272
Хохлова Т. Ю., Антипин В. К., Токарев П. Н. Особо охраняемые природные территории Карелии (рус.). — (издание второе, переработанное и дополненное). — Петрозаводск: Карельский научный центр РАН, 2000. — С. 35—39. — 312 с. — 1300 экз. — ISBN 5-9274-0003-5.
Национальный парк «Водлозерский»: Природное разнообразие и культурное наследие / Науч. ред. О. В. Червяков. — Петрозаводск: КарНЦ РАН, 2001. — 313 с.
Природное и культурное наследие Водлозерского национального парка. — Петрозаводск: КарНЦ РАН, 1995. — 245 с.
Аверьянов К. А. Водлозерье — заповедный край Русского Севера // Труды Института российской истории. Вып. 9. М., 2010. С. 490—503.
Линник Ю. В. «Водлозерье в моей картине мира». Карельский педагогический институт. Карельский экологический журнал «Зелёный лист»; 2011 г., июнь, № 1. С. 28-29.