Через Бондо проходит транс-африканский автодорожный маршрут шоссе Лагос-Момбаса. Но наземным транспортом к городу добраться трудно, так как дороги после дождей становятся непроходимыми, а навигация по Уэле ограничена из-за водопадов.
Бондо соединяется с городом Акети неработающей веткой железнодорожной линии Викиконго, построенной бельгийцами в 1920-х годах.