В конце II века Ириней Лионский отправил священников братьев Ферьюса и Ферреоля в Везонтий (территория сегодняшней французской провинции Франш-Конте), чтобы проповедовать там среди секванов. Ферреоль стал первым епископом Безансона. Ферьюс и Ферреоль основали первую католическую церковь в Безансоне. В 212 году братья приняли мученическую смерть.
В конце III — начале IV века епархия Безансона была возведена в ранг архиепархии. В IV веке архиепархия Безансона значительно пострадала от нашествия варваров.
Во время правления династии Каролингов архиепископы Безансона значительно влияли на общественно-политическую жизнь Бургундии.
В XII веке значительную роль в архиепархии Безансона приобрело ныне не действующее аббатство в Клюни, ставшее в то время центром паломничества и реформирования Католической церкви. В это время цистерцианский монастырь в Клюни стал основным очагом сопротивления попыткам императора Фридриха Барбороссы ограничить светскую власть архиепископа Безансона.
С XIII по XVI век на территории архиепархии Безансона стали распространяться идеи Реформации, в результате чего католическое присутствие в Бургундии стало уменьшаться.
В 1742 году архиепархия Безансона передала часть своей территории для новой епархии Сен-Клода. В 1790 году архиепархия Безансона была упразднена, а её территория была передана епархиям Ду, Верхней Соны и Юра.