| Названия программы |
Описание программы
|
| protpars |
Оценивает филогению белковых последовательностей при помощи метода максимальной бережливости.
|
| dnapars |
Оценивает филогению ДНК последовательностей при помощи метода максимальной бережливости.
|
| dnapenny |
ДНК метод ветвей и границ. Ищет все наиболее экономные филогении для аминокислотных последовательностей.
|
| dnamove |
Интерактивное построение филогении из аминокислотных последовательностей, оценка при помощи метода максимальной экономии для ДНК.
|
| dnacomp |
Оценка филогении по данным аминокислотных последовательностей при помощи критерия совместимости.
|
| dnaml |
Оценивает филогению по нуклеотидным последовательностям используя метод максимального правдоподобия.
|
| dnamlk |
ДНК метод максимального правдоподобия с молекулярными часами.
|
| proml |
Оценивает филогению по последовательностям аминокислот при помощи метода максимального правдоподобия.
|
| promlk |
Метод максимального правдоподобия с молекулярными часами для белковых последовательностей.
|
| restml |
Оценка филогении методом максимального правдоподобия с использованием информации о сайтах рестрикции (присутствие или отсутствие индивидуальных сайтов).
|
| dnainvar |
Для данных о последовательности нуклеиновой кислоты по четырем видам, вычисляет филогенетические инварианты Lake's и Cavender's, которые проверяют альтернативную топологию дерева.
|
| dnadist |
Метод расстояний для ДНК, который считает по аминокислотным последовательностям 4 разные дистанции между особями. Расстояние затем может быть использовано в программах с матрицами расстояний.
|
| protdist |
Оценка расстояния по методу наибольшего правдоподобия.
|
| restdist |
Расстояния, рассчитанные по данным о сайтах рестрикции или данных о фрагментах рестрикции.
|
| seqboot |
Читает данные и выдает набор данных при помощи статистического бутстрэпа.
|
| fitch |
Метод матрицы расстояния Fitch-Margoliash. Оценка филогении по данным о матрице расстояния при помощи "модели совокупного дерева", согласно которой расстояния, как ожидается, будут равняться суммам длин ветвей между видами.
|
| kitsch |
Метод матрицы расстояния Fitch-Margoliash с молекулярными часами. Оценка филогении по данным о матрице расстояния при помощи "ультраметрической" модели, которая совпадает с моделью совокупного дерева, за исключением того, что во внимание приняты эволюционные часы.
|
| neighbor |
Реализация метода Neighbor-Joining (метода присоединения соседей) и метода UPGMA (метод невзвешенной попарной группировки с усреднением).
|
| contml |
Оценивает филогению по данным частоты генов методом максимального правдоподобия (все различия из-за дрейфа генов в отсутствие новых мутаций). Эта программа также может проводить анализ методом максимального правдоподобия признаки, которые эволюционируют как модель броуновского движения, предполагая, что признаки эволюционируют с равной скоростью.
|
| contrast |
Читает дерево из файла и выдает независимый различия для признаков, чтобы затем использовать их в многопеременной статистикой.
|
| gendist |
Программа генетических расстояний, которая считает т по одной из трех формул генетических расстояний используя данный о частоте генов.
|
| pars |
Неупорядоченный метод бережливости со многими состояниями, рассматривающий отдельные признаки.
|
| mix |
Оценка филогении некоторыми методами бережливости для дискретных признаков с двумя состояниями (0 и 1). Позволяет использовать метод бережливости Вагнера, метод бережливости Camin-Sokal или их произвольную комбинацию.
|
| penny |
Разделение или связывание смешанных методов, которые находят все большую бережливость филогении для данных по отдельным признакам с двумя состояниями, для метода Вагнера, Camin-Sokal, и смешанных критериев бережливости используется метод ветвей-и-границ точного поиска.
|
| move |
Интерактивное конструирование филогении от данных по отдельным признакам с двумя состояниями (0 и 1). Оценивает бережливость и критерии совместимости той филогении и показывает восстановленные состояния по всему дереву.
|
| dollop |
Оценка филогении при помощи Dollo или критериями бережливости полиморфизма данных об отдельных признаках с двумя состояниями (0 и 1).
|
| dolpenny |
Находит все большинство бережливой филогении для данных отдельных признаков с двумя состояниями, для Dollo или критериев бережливости полиморфизма, используется метод ветвей-и-границ точного поиска.
|
| dolmove |
Интерактивное конструирование филогении от данных об отдельном признаке с двумя состояниями (0 и 1) используя Dollo или критерии бережливости полиморфизма. Оценивает бережливость и критерии совместимости филогении и показывает восстановленные состояния по всему дереву.
|
| clique |
Находит самую многочисленную клику взаимно совместимых знаков и филогению, которую они рекомендуют для данных об отдельном признаке с двумя состояниями (0 и 1). Самая многочисленная клика (или все клики в пределах данного диапазона самого большого размера) находятся очень быстрым методом поиска ветвей и связей.
|
| factor |
Перекодирующая программа признака, которая берет дискретные данные со многими состояниями с признаком состояния деревьев и производит соответствующий набор данных с двумя состояниями (0 и 1).
|
| drawtree |
Программа рисует не укорененное дерево подобно drawgram.
|
| consense |
Консенсусная программа дерева, которая вычисляет консенсус дерева при помощи метода majority-rule consensus tree, который также позволяет легко находить строгий консенсус дерева.
|
| treedist |
Вычисляет Robinson-Foulds симметричные различия расстояний между деревьями , которые допускают различия в топологии дерева.
|
| retree |
Интерактивная программа перестройки дерева, которая читает в дереве (с длинами ветвей, если необходимо) и позволяет вам переукоренять дерево, щелкать ветвями, менять имена видов и длины ветвей, и затем выписывать результат. Может использоваться, чтобы конвертировать укорененные и не укорененные деревья между собой.
|
