В 1994 году спелеологами случайно[3] были найдены останки по меньшей мере 12 неандертальцев, которые жили 49 тыс. л. н. и были съедены другими неандертальцами: трёх мужчин, трёх мальчиков-подростков, трёх женщин и трёх детей[4][5].
Высокая распространенность анатомических вариантов первого шейного позвонка, известного как атлант, указывает на низкое генетическое разнообразие как в популяции неандертальцев из Эль-Сидрона, так и в популяции неандертальцев из Крапины (Хорватия), живших 130 тыс. лет назад[6].
У неандертальцев из пещеры Эль-Сидрон была частично секвенирована митохондриальная ДНК. Все трое мужчин имеют один и тот же митохондриальный гаплотип, а у всех женщин гаплотипы разные — по-видимому, неандертальцы были патрилокальны — юноши, достигшие зрелости, оставались в родной семье, а девушки переходили в другие группы[7]. У экземпляров Sidron 1253 и Sidron 1351c есть те же самые мутации в положении A-911, G-977 в экзоне 7 из гена FOXP2, известного как «языковой ген», как и у современных людей[8][9][10].
Секвенирование Y-хромосомы неандертальца из пещеры Эль-Сидрон показало, что в Y-хромосоме современного человека нет неандертальских фрагментов ДНК, в отличие от остальной части генома. Время разделения линий неандертальцев и современного человека оценили по Y-хромосоме в 588 тыс. лет назад (95% доверительный интервал: 447—806 тыс. лет назад). В Y-хромосоме неандертальца из Эль-Сидрона обнаружили три мутации, связанные с работой иммунной системы и работой вторичных комплексов гистосовместимости. Это могло приводить к развитию реакций отторжения плода, в результате чего ребёнок, зачатый женщиной-сапиенсом от мужчины-неандертальца, оказывался нежизнеспособным[12][13]. Работа Карлоса Бустаманте подтверждает гипотезу о том, что в смешанных парах, состоявших из мужчины-неандертальца и женщины-сапиенса, могло рождаться потомство, не слишком способное к размножению[14][15]. Исследование Y-хромосом трёх неандертальцев (El Sidrón 1253, 46—53 тыс. л. н.; Spy 94a, 38—39 тыс. л. н.; Mezmaiskaya 2, 43—45 тыс. л. н.) и двух денисовцев (Denisova 4, 55–84 тыс. л. н.; Denisova 8, 106–136 тыс. л. н.) показало, что Y-хромосомная линия поздних неандертальцев отделилась от Y-хромосомной линии современного человека около 370 тыс. лет назад[16][17].
Также неандертальская мтДНК была обнаружена в отложениях пещеры Эль-Сидрон без наличия самих останков неандертальцев[18].
Том Хайэм. Мир до нас. Новый взгляд на происхождение человека = Tom Higham. The World Before Us: How Science is Revealing a New Story of Our Human Origins. — М.: Альпина нон-фикшн, 2024. — С. 396. — ISBN 978-5-00139-672-7.
"A paleogenetical study determines the blood group of Neanderthal man" (неопр.). Архивировано из оригинала 22 ноября 2012 года. Reference: Lalueza-Fox C, Gigli, E., de la Rasilla, M., Fortea, J. Rosas, A., Bertranpetit, J. and Krause, J. (2008), "Genetic characterization of the ABO blood group in Neanderthals", BMC Evolutionary Biology, Dec 24;8(1):342, Universitat Pompeu Fabra, Barcelona
