Начал заниматься академической греблей в возрасте 14 лет после того, как отец записал его в клуб AZS UMK в Торуни[8].
Михал Шпаковский в 2009 году на чемпионате мира в Познани стал четвёртым в составе восьмёрки с рулевым. В 2010, 2011 и 2013 годах он также принимал участие на мировых чемпионатах, но медалей не завоевал. На Олимпийских играх 2012 года в Лондоне стал седьмым. В 2011 году был признан спортсменом года в Быдгоще[8].
В 2014 году на чемпионате мира в Амстердаме впервые в карьере завоевал медаль мирового первенства, став вторым в составе восьмёрки с рулевым. В 2015 году поляки не сумели повторить этот успех, заняв лишь восьмое место[8].
С 2019 года Михал Шпаковский выступает в составе четвёрки без рулевого. На чемпионате Европы в Люцерне он завоевал серебро, а на чемпионате мира в Линце впервые в карьере стал чемпионом мира. В том же году завоевал золото в Пловдиве и бронзу в Познани на этапе Кубка мира[8].
В 2021 году завоевал серебро и бронзу на этапах Кубка мира в Загребе и Сабаудии, соответственно. Принял участие на Олимпийских играх в Токио, которые стали для поляка третьими в карьере. Он впервые выступал в составе четвёрки без рулевого на главном старте четырёхлетия, но не сумел завоевал медали, вновь став седьмым[8].