Шишовский сельсовет образован 30 июля 1928 года постановлением ЦК и СНК в составе Бобровского района Воронежской области.
Шишовское поселение образовано и зарегистрировано 18 апреля 1997 года. Законом Воронежской области от 12.11.2004 г. № 70-ОЗ «Об установлении границ, наделении соответствующим статусом, определении административных центров 3 муниципальных образований Бобровского, Воробьевского, Контемировского районов» Шишовский сельсовет наделен статусом сельского поселения.
Границы Шишовского сельского поселения установлены законом Воронежской области от 12.11.2004 г. № 70-ОЗ «Об установлении границ, наделении соответствующим статусом, определении административных центров муниципальных образований Бобровского, Воробьевского, Контемировского районов»[3].