Село Шишкинское (Шишкино) основано в 1800 году переселенцами из Харьковской и Воронежской губерний. Население занималось скотоводством и земледелием[3].
По другим данным, Шишкинское было образовано в 1807 году из хутора села Медведского в верховьях реки Буйволы. Кроме того, в документах за 1812 год упоминаются Шишкинские хутора при селе Медведском. Входило в состав Александровского, Пятигорского, Новогригорьевского и Благодарненского уездов[4].
В 1902 году в селе проживало 1349 человек; количество надельной земли составляло 5900 десятин (из них под посевами — 1399 десятин); количество голов крупного рогатого скота — 884, овец — 1260[5]:15.
В августе и сентябре 1942 года, в период оккупации села, около села Шишкино нацистами были убиты эвакуированные евреи и пленные красноармейцы[6].
8 августа 1948 года районная газета «Трибуна ударника» опубликовала сообщение: «…Исполком Благодарненского районного совета депутатов трудящихся вынес решение об утверждении постановлений общих собраний колхозников с просьбой переименовать сельхозартели: „Революция мира“ в колхоз имени Калинина»[7].
До 29 октября 1991 года село входило в Александрийский сельсовет. 29 октября 1991 года Президиум Ставропольского краевого Совета народных депутатов решил «Образовать в Благодарненском районе Шишкинский сельсовет с центром в селе Шишкино, выделенное из состава Александрийского сельсовета этого же района»[8].
До 2017 года село образовывало упразднённое сельское поселение село Шишкино[9][10][11].
К северу от села расположено открытое кладбище площадью 40000 м²[29]
Образование
Детский сад № 21.
Средняя общеобразовательная школа № 16. Открыта 1 сентября 1965 года[30]
Экономика
В селе Шишкино расположены 6 организаций, предприятий, учреждений. Торговое обслуживание села осуществляет 6 торговых точек. Сельское хозяйство в основном виноградарство-виноделие.
Шишкинская МТС. Упоминается в 1944-1958 годах[31].
Люди, связанные с селом
Дьяков Пётр Михайлович (1916, село Шишкино — 1945) — участник Великой Отечественной войны, Герой Советского Союза
Памятники
Памятник Петру Михайловичу Дьякову и односельчанам, участвовавшим в Великой Отечественной войне. Открыт в 2023 году.
Братская могила 5 красных партизан, погибших в годы гражданской войны. 1918—1920, 1923 года[32].
29 ноября 2016 года, в рамках проекта «Вернуть достоинство» Российского еврейского конгресса и Центра «Холокост», около Шишкино были открыты два памятника жертвам Холокоста[6].
↑Копия ходатайства Ставропольского городского общественного Управления пред министрами внутренних дел, финансов и путей сообщения и правлением Общества Владикавказской железной дороги по вопросу о паровых подъездных путях для Ставропольской губернии : [рус.]. — Ставрополь : Типо-литогр. Т. М. Тимофеева, 1903. — 18 с.
↑Копия ходатайства Ставропольского городского общественного Управления пред министрами внутренних дел, финансов и путей сообщения и прав — Ставрополь: 1903. — 18 с.
Шишкинское село (Благодаринский уезд) // Ставропольская губерния в статистическом, географическом, историческом и сельско-хозяйственном отношениях», А. Твалчрелидзе (инспектор народных училищ). Ставрополь, типография М. Н. Корицкого, 1897.
с. Шишкино, Благодаринского уезда, 5 земского участка // Справочник по Ставропольской епархии (обзор городов, сел, станиц и хуторов Ставропольской губернии и Кубанской области)". Н. Т. Михайлов. 1911.