В период с 1996 по 2013 годы Чистый Яр входил в состав Юбилейнинского сельсовета. 26 июля 2013 года упразднён Законом Астраханской области № 38/2013-ОЗ[3].
География
Находился хутор в юго-восточной части Астраханской области, на острове Чистый Яр, в русле рукава Волги Ахтубы.