В 1963 году защитил кандидатскую диссертацию «К истории металлургии Восточной Европы в эпоху энеолита и ранней бронзы (По материалам спектроаналитических исследований)», в 1972 году — докторскую диссертацию «История металлургии Восточной Европы в позднем бронзовом веке». С 1984 по 2019 год заведовал лабораторией естественнонаучных методов в Институте археологии.
Основные научные интересы: применение методов естественных наук в археологии; древнейшее горно-металлургическое производство на территории Евразии; история производящей экономики; основные закономерности развития и факторы существования древних культур; структура Евразийского мира и закономерности формирования крупных социо-технологических систем[3].
Черных Е. Н. Степной пояс Евразии: Феномен кочевых культур. — М.: Рукописные памятники Древней Руси, 2009. — 624 с. — 800 экз. — ISBN 978-5-9551-0290-0. (в пер.)
Черных Е. Н., Кузьминых С. В. Е. Н. 切尔内赫 С. В. 库兹明内赫 著 欧亚大陆北部古代冶金 (塞伊马图尔宾诺现象 // Древняя металлургия Северной Евразии (сейминско-турбинский феномен). A Series of Studies of Turfan. [Перевод на китайский язык одноимённой книги: М.: Наука, 1989]. Beijing, 2010. 308 p. ISBN 978-7-101007394-2.
Черных Е. Н. Культуры номадов в мегаструктуре Евразийского мира. — М. : Языки славянской культуры, 2013.
Chernykh E. Nomadic Cultures in the Mega-Structure of the Eurasian Word. Academic Studies Press, Brighton, MA 02135, USA — LRS Publishing House, Moscow. Pp. 696. ISBN 978-1-61811-552-2
Черных Е. Н. Каргалы — забытый мир. Оренбург, Изд-во «Оренбургская книга», 2018. 248 с., ил. ISBN 978-5-94529-070-9
Черных Е. Н. Культуры Хомо: ключевые грани миллионолетней истории. Проблемные очерки. М.: Изд. дом ЯСК, 2019. 432 с. ISBN 978-5-907117-68-6
Черных Е. Н. Мегаструктура Евразийского мира сквозь призму геологии, археологии, истории. М.:Таус, 2020. 360 с,, илл. ISBN 978-5-906045-21-8
Chernykh Evgenij N. The Cultures of Homo: Challenging essays about humakind’s multi-million year history. — M.: TAUS, 2021. 400 p. ISBN 978-5-906045-23-2