Село на левом берегу р. Зея основан в 1910 г. под названием Михайловское, с 1912 г. — Чагоян. На правом берегу р. Зея построен в 1980-х гг. рабочий поселок при каменном карьере по добыче известняка. В 1990-х гг. недалеко от пос. Чагоян был построен завод по производству известняковой муки и из г. Шимановска к нему была проложена ж.д.ветка. В настоящее время завод заброшен.
Топонимика
Название с тунгуро-манчжурских языков от слова «цаган» — «белый». Одно из редких сохранившихся на территории области названий даурского происхождения. Село стоит на берегу Зеи, который сложен белыми известняками[источник не указан 230 дней].