В 1969—1974 годах — преподаватель МГУ, с 1974 года работает в Институте мировой литературы имени А. М. Горького АН СССР (ныне РАН).
В 1979 году защитил кандидатскую диссертацию, в 1998 — докторскую по теме «Русская поэзия 1920—1930-х годов в России и зарубежье (пути развития и взаимодействия)».
Авторское «я» в лирике. К проблеме автопародии // Ускользающий субъект. — Турку, 1991. (фин. яз.)
Два крыла русской поэзии. Статьи 1-2 // Российский литературоведческий журнал. 1993, № 2,3.
Противоречивая целостность // Культурное наследие российской эмиграции. 1917—1940. — Т. 2. — М., 1994.
О «Белевском уезде» в русской литературе // Нация. Личность. Литература. Вып. 1. — М., 1996.
Орфей русского Монпарнаса (О поэзии Бориса Поплавского) // Российский литературоведческий журнал. 1996, № 8; 1997, № 9.
Новое в литературе: поэзия на перекрестке традиций // Русистика (Сеул). 1998, № 9 (корейск. яз.).
Русский сюрреализм: миф или реальность? // Сюрреализм и авангард. — М., 1999.
От «Фантастического кабачка» — до кафе «Порт-Рояль» // Литературное зарубежье: Проблема национальной идентичности. Вып. 1. — М., 2000.
О целостности русской литературы // Литература, культура и фольклор славянских народов (XIII Международный съезд славистов). — М., 2002.
Литература в изгнании: спор поколений // Литературное зарубежье: Национальная литература — две или одна? Вып. 2. — М., 2002.
Сюрреализм и авангард. Меняющиеся границы понятий // Превратности выбора (Антологии и словари в практике сюрреализма и авангарда. Сюрреализм и авангард в антологиях и словарях). — М., 2004.
Шмелев и Набоков: два пути русского слова // Наследие В. В. Кожинова и актуальные проблемы критики, литературоведения, истории, философии. — Армавир, 2004.
«В мечту испуганно-влюбленный…» // Виктор Гофман. Любовь к далекой. Поэзия. Проза. Письма. Воспоминания. Сост., вступ. ст. и комментарии А. И. Чагина. — СПб., 2007.
О «хмурых» и «радостных» догмах и о реальностях литературного развития. // Международные Ломидзевские чтения. — М., ИМЛИ РАН, 2008.
Борис Поплавский // Русская литература 1920—1930-х годов. Портреты поэтов. — Т. 2. — М., ИМЛИ РАН, 2008.
С Россией в дорожном мешке // Дом и душа. Образ России в русской поэзии XX века. Отв. ред. А. И. Чагин. — М., 2010.
«Скворешниц вольных гражданин…» Вяч. Иванов в 1910 — 1940-е годы // Литературная классика в диалоге культур. Вып. 2. — М., ИМЛИ РАН, 2011.
Истоки пути: от «Лампады» к «Дневникам» // Георгий Владимирович Иванов. Исследования и материалы. 1894—1958. — М., Изд-во Лит. института им. А. М. Горького, 2011.
Русский авангард в изгнании // Исследование литературных процессов в словацком и российском литературоведении на современном этапе. — Братислава, 2012.
Чагин Алексей Иванович // Кто есть кто в российском литературоведении: Биобиблиографический словарь-справочник / РАН, ИНИОН, Центр гуманитарный научно-информационных исследований, Отдел литературоведения; Главный редактор Николюкин А. Н.; Научный редактор Ревякина А. А.; Ответственный секретарь Соколова Е. В.; Составители: Кравченко Т. Н., Михайлова О. В., Петрова Т. Г., Ревякина А. А.. — М.: ИНИОН РАН, 2011. — С. 366. — ISBN 978-5-248-00591-8.