В годы Гражданской войны Хомутников возглавил взвод революционного отряда защиты прав трудового казачества, затем командовал кавалерийским полком. Участвовал в обороне Царицына, военных действиях на Дону и Северном Кавказе, боях на Дальнем Востоке с формированиями Унгерна и Семёнова, установлении советской власти в Монголии[2]. Приказом Революционного Военного Совета Республики в 1921 году награждён орденом «Красное Знамя» РСФСР[3].
С сентября 1921 по сентябрь 1922 года руководил первой советской секретной экспедицией в Лхасу. Вёл переговоры с Далай-ламой XIII и министрами тибетского правительства. Собрал разведывательную информацию о положении в Тибете.
Командир дивизиона при школе Красной армии (сентябрь 1922 — май 1923), командир 1-го Монгольского полка (май 1923 — сентябрь 1924). Советский военный советник и разведчик в Монголии. В 1922—1924 годах неоднократно бывал с заданиями разведки в Китае, Тибете, Индии[1].
После окончания Гражданской войны Хомутников продолжил службу в армии. В 1925 году окончил кавалерийские курсы усовершенствования командного состава. С 1930 года занимал должность военкома Калмыцкой автономной области. В 1933 году уволен в запас, работал председателем Калмыцкого облисполкома. Избирался делегатом XVII съезда ВКП(б), депутатом Верховного Совета СССР 1-го созыва, председателем Президиума Верховного Совета Калмыцкой АССР[2]. С ноября 1935 по июль 1938 года — председатель ЦИК Калмыцкой АССР. Репрессирован, но вскоре реабилитирован[1].
В начале Великой Отечественной войны Хомутников повторно был призван в армию и назначен заместителем командира 110-й Калмыцкой кавалерийской дивизии. С мая 1942 года участвовал в боях на Дону. С августа 1942 года командовал этой же дивизией, участвовал в битве за Кавказ. С февраля 1943 года полковник Хомутников воевал в должности заместителя командира 180-й стрелковой дивизии.
Бембеев В.Ш. Человек из легенды: ист. очерк. М.; Элиста: Науч.-изд. центр "Контекст", 1991.
В.А. Хомутников: жизнь и деятельность. Элиста: АУ РК "РИА "Калмыкия", 2018.
Великая Отечественная. Комдивы [Текст] : военный биографический словарь : в 5 т. / Д. А. Цапаев (рук.) и др. ; под общ. ред. В. П. Горемыкина. — М. : Кучково поле, 2011. — Т. 1. — С. 310—312. — 736 с. — 200 экз. — ISBN 978-5-9950-0189-8.
Дякиева Б.Б. Жизнь и судьбы видных деятелей Калмыкии в период гражданской войны: Хомутников Василий Алексеевич // Гражданская война в регионах России: социально-экономические, военно-политические и гуманитарные аспекты : сборник статей, Ижевск, 25–26 октября 2018 года / Удмуртский институт истории, языка и литературы УдмФИЦ УрО РАН; Удмуртский государственный университет. – Ижевск: АлкиД, 2018. – С. 273-280.
Надбитов М.В. В.А. Хомутников - руководитель народно-хозяйственного строительства в Калмыкии // Вестник Калмыцкого университета. – 2020. – № 4(48). – С. 23-29.
Надбитов М.В. В.А. Хомутников - военный комиссар и председатель Верховных органов Советов депутатов трудящихся калмыцкой АССР // Вестник Калмыцкого университета. – 2016. – № 2(30). – С. 32-40.
Надбитов М.В. Деятельность В.А. Хомутникова на фронтах гражданской войны на Юге России / М. В. Надбитов // Гуманитарные, социально-экономические и общественные науки. – 2015. – № 6-1. – С. 252-254.
Надбитов, М. В. 110-я отдельная калмыцкая кавалерийская дивизия во главе с полковником В.А. Хомутниковым в защите донских рубежей // Вестник Российского нового университета. Серия: Человек и общество. – 2015. – № 6. – С. 62-65.
Надбитов М.В., Убушаев В.Б. В.А. Хомутников - видный военный и государственный деятель Калмыкии (1921-1941 гг.) // Вестник Калмыцкого университета. – 2014. – № 4(24). – С. 20-24.
Синицын Ф.Л. Политическое положение в Тибете в 1920-е годы (по материалам советских экспедиций) // Страны и народы Востока. – 2014. – № XXXV. – С. 323-336.
Хомутников Х.П. Жизнь и судьбы в годы репрессий. Элиста: АПП «Джангар», 2013.
Хомутников Х.П. Они воевали за Отечество. Элиста: Джангар, 2016.
Хомутников Х.П. Сквозь огонь и время...: историко-документальное повествование. Элиста: АУ РК "РИА "Калмыкия", 2021
Убушаев, Е. Н. Хомутников В.А. как представитель калмыцкой политической элиты, в Великой Отечественной войне / Е. Н. Убушаев // Вклад регионов Юга России в победу Великой Отечественной войне 1941-1945 гг. : Материалы Российской научно-практической конференции, Элиста, 20–22 апреля 2010 года. – Элиста: Калмыцкий государственный университет, 2010. – С. 121-122.
Убушаев В.Б., Надбитов М.В. Спецкомандирока героя гражданской войны в России Василия Хомутникова в Тибет к Далай-Ламе XIII // Историческая и социально-образовательная мысль. – 2015. – Т. 7. – № 6-2. – С. 122-125.