В правление княжеством вступил после смерти своего отца в 1494 году, при этом часть княжества с городом Руза была выделена в удел младшему брату Ивану. Мать Ульяна Михайловна опекала обоих сыновей.
В 1497 году совместно с братом Иваном «били челом» Ивану III, чтобы тот взял доставшихся им от бабки Марии Ярославны (жены Василия Тёмного) московские и тверские сёла. Взамен получили сёла Белая Колпь и Буйгород.
В управлении княжеством отличался грабежом зажиточного населения, вымогании денег с применением пыток. Особенно усилились эти тенденции после 1503 года, когда умерли его брат Иван и мать, а Иван III конфисковал их наследство, на которое, очевидно рассчитывал князь Фёдор Борисович. Поддержку в этой конфискации царю Ивану оказал игумен Иосиф Волоцкий. Естественно после этого отношения князя с Иосифом Волоцким испортились. Фёдор Борисович пользовался при этом поддержкой игумена Волоцкого Возмицкого монастыряАлексея Пильемова.
Славянская энциклопедия. Киевская Русь — Московия: в 2 т. / Автор-составитель В. В. Богуславский. — М.: Олма-пресс, 2001. — 5000 экз. — ISBN 5-224-02249-5.