По приказу своего отца в 1547 году он стал заниматься управлением Богемии. В 1556 вёл кампанию против турок в Австрии. После смерти отца в 1564 году, Фердинанд получил Тироль и Переднюю Австрию. Также, по желанию своего брата Максимилиана II он остался наместником в Праге до 1567 года. На своих землях Фердинанд убедился во введении католической контрреформации. В 1587 году безуспешно пытался занять польский трон[4].
В 1557 году он тайно женился на Филиппине Вельзер, дочери банкира из Аугсбурга, и имел от неё детей. Брак был узаконен императором в 1559 в условиях секретности. Их дети носили титул Австрийские, но были полностью исключены из линии наследования. Сыновья, правда, получили в качестве компенсации маркграфство Бургау — старинное владение Габсбургов в Швабии. Дети:
Карл (1560—1627), маркграф Бургау, женился на Сибилле Юлих-Клеве-Бергской, жил на широкую ногу в Гюнцбурге на Дунае и держал там свой двор, для которого выстроил сохранившуюся доныне резиденцию;
близнецы Филипп (1562—1563) и Мария (1562—1563).
После смерти Филиппины Фердинанд в 1582 году женился на своей племяннице Анне-Катерине (1566—1621), дочери Вильгельма I, герцога Мантуи.
После смерти эрцгерцога Тироль был объединен с владениями Габсбургов, так как дети от первого брака были исключены из наследования, а во втором родились только дочери. Его младшая дочь вышла замуж за императора Маттиаса, который получил Переднюю Австрию.
Существует предположение, что именно Фердинанд II выступает противником саксонского курфюрста Иоганна Фридриха Великодушного на картине 1548 года «Курфюрст Иоганн Фридрих Великодушный играет в шахматы с испанским дворянином», опирающееся на несомненное его портретное сходство с персонажем, изображённым на картине[5].
Генеалогия
Фердинанд II Тирольский — предки
Фридрих III(1415 — 1493) император Священной Римской империи
Максимилиан I(1459 — 1519) император Священной Римской империи
