Предки его были негоциантами, переселившимися в первой половине XVIII столетия из Голландии в Архангельск. Родился в Санкт-Петербурге, в семье Ефрема Ивановича Фан-дер-Флита — начальника пограничной стражи и Директора Кронштадтскойтаможни.
Супруга — Татьяна Фёдоровна Сухотина (1776—1854), дочь секунд-майора Фёдора Григорьевича Сухотина (1743—1814) от брака его с Анной Николаевной Соковниной. Их дети:
Екатерина Тимофеевна (1812—1877), в молодости в неё был влюблен Нестор Кукольник и воспел её под именем «Леноры». В 1835 году она была выдана замуж за контр-адмирала Михаила Петровича Лазарева (1788—1851).
Анна Тимофеевна (1814— ?), замужем за полковником Михаилом Николаевичем Депрерадовичем (1807—1873).
↑Карелия: энциклопедия: в 3 т. / гл. ред. А. Ф. Титов. Т. 3: Р — Я. — Петрозаводск: «ПетроПресс», 2011. — 384 с.: ил., карт. ISBN 978-5-8430-0127-8 (т. 3)
↑ЦГИА СПб. ф.19. оп.111. д.299. с. 312. Метрические книги Пантелеимоновской церкви.
Мошина Т. А. Олонецкий губернатор Т. Е. Фан-дер-Флит // Север. 1988. № 2;
Серков А. И.Русское масонство. 1731—2000 гг. Энциклопедический словарь. — М.: Российская политическая энциклопедия, 2001.
Краско А. Русские страницы в истории рода Van der Vliet // Голландцы и бельгийцы в России XVIII—XX веков. СПб., 2004;
Кораблёв Н. А., Т. А. Мошина. Олонецкие губернаторы и генерал-губернаторы: Биографический справочник. — Петрозаводск: «Строительный стандарт», 2012. — С. 50—55. — 140 с. — ISBN 5-87870-010-7.