29 мая 2012 года главным тренером команды назначен сербМилан Миланович[3]. 23 июня 2012 года[4] состоялся прощальный матч Важи Тархнишвили, который тринадцать с половиной лет являлся капитаном команды и стал настоящим символом «Шерифа», на его счету более 500 официальных матчей за приднестровскую команду[5][6]. В матче за Суперкубок тираспольчане по пенальти уступили «Милсами» со счётом 6:5, основное время матча завершилось нулевой ничьей[7]. Летом 2012 года из московского «Локомотива» в стан «жёлто-чёрных» вернулся Станислав Иванов, который уже выступал в «Шерифе» с 1997 по 2004 год[8]. В отборочной стадии Лиги чемпионов 2012/13 «Шериф» сумел пробиться в третий квалификационный раунд, в котором уступил загребскому «Динамо» с общим счётом 0:5[9], после чего с поста главного тренера был уволен Миланович[10], команду возглавил румынский специалист Михай Стойкицэ[11]. Вылет из Лиги чемпионов дал право команде играть в раунде плей-офф Лиги Европы с марсельским «Олимпиком», домашний матч закончился со счётом 1:2 в пользу французов[12], ответный поединок на «Велодроме» завершился нулевой ничьей[13]. Зимой 2013 года команду покинули Владислав Стоянов, перешедший в болгарский «Лудогорец» и Флоран Руамба, игравший за «Шериф» с 2006 года, буркинийский полузащитник на правах свободного агента перешёл в английский клуб «Чарльтон Атлетик»[14][15]. В апреле 2013 года Стойкицэ покинул команду, свой уход мотивировав «сложившимися личными обстоятельствами, вынудившими его уехать на родину», клуб возглавил белорусский специалист Виталий Рашкевич, до этого тренировавший «Шериф-2»[16]. 7 мая «Шериф» выбыл из розыгрыша Кубка Молдавии, уступив в полуфинальной встрече «Тирасполю» со счётом 1:2[17]. Весеннюю часть чемпионата «Шериф» провел неровно, чередуя победы с поражениями, однако это не помешало «жёлто-чёрным» завоевать второе кряду золото[18]. 16 мая, за два тура до финиша, подопечные Виталия Рашкевича в Кишинёве обыграли «Зимбру» и обеспечили себе двенадцатый чемпионский титул[19].
