Во время его трёхлетнего правления на данном посту, в университете было проведено множество реконструкций, в том числе было завершено строительство Гастон Холла[англ.] и входов в Хили-холл[англ.]. При нём была открыта школа стоматологии, а также больница при данном университете[англ.]. После истечения срока полномочий, он несколько лет работал казначеем при Бостонском колледже, а затем выполнял пастырскую работу в Филадельфии, Бруклине и Балтиморе, где в итоге стал префектом церкви Святого Игнатия. Он продолжал работать в Бостонском колледже, где и умер в 1917 году➤.
Во время службы он часто дискутировал о религии со своим армейским товарищем, который утверждал, что ни одна из протестантских церквей не является единой истинной церковью[англ.], коей, в свою очередь, является либо Церковь Иисуса Христа Святых последних дней, либо Католическая церковь[3]. Уитни также сравнивал различные практики протестантских и католических капелланов на борту корабля[4]. Беседы с товарищем убедили Уитни задуматься об «утверждениях католической церкви»[3]. В августе 1870 года USS Mercury находился в Ньюпорте (Род-Айленд), чтобы принять участие в Кубке Америки[4]. Капитан пригласил на борт молодожёнов-католиков, которые возвращались в Нью-Йорк после гонок на яхтах[5]. Во время плавания по проливу Лонг-Айленд невеста выронила книгу за борт; один из офицеров спустил шлюпку на воду и вернул её. Высадившись в Нью-Йорке, невеста оставила книгу на корабле[4], которая, как выяснил Уитни, оказалась религиозным изданием The Invitation Heeded: Reasons for a Return to Catholic Unity Джеймса Кента Стоуна, которое было написано в ответ на призыв блаженного Пия IX ко всем христианам вернуться к Матери-Церкви[англ.][5].
Прочитав книгу несколько раз, Уитни обратился к одному из корабельных капелланов и иезуиту, Доминику Дюранке[1], и заявил, что если её содержание истинно, то он должен стать католиком[4]. Получив наставление молиться и изучать книгу дальше, он попросил принять его в католическую церковь, а Стоуна сделать его крёстным отцом. 2 ноября 1870 года (в День всех усопших верных) Уитни был условно крещён Дюранке в церкви Святого Павла Апостола[англ.] в Нью-Йорке[4].
3 июля 1898 года Уитни был назначен президентом Джорджтаунского университета[6], сменив на этом посту Джозефа Х. Ричардса[англ.][7]. Во время его президентства был проведён ряд мероприятий по улучшению кампуса. Была открыта больница Джорджтаунского университета[англ.] и принят первый пациент[8]. Гастон Холл[англ.] был отремонтирован в 1901 году[9][10]. В том же году Энтони А. Херст, богатый житель Филадельфии, а также выпускник Джорджтаунского университета и Школы права совершил пожертвование в университет от своего лица на строительство библиотеки Херста внутри Хили-холла[англ.][11]. К тому же, были достроены главный и центральный входы в Хили-холл, вымощены дорожки и отремонтировано несколько зданий кампуса, включая часовню Дальгрена[англ.][8]. В 1901 году Уитни убедил преподавателей Медицинской школы университета пересмотреть предложение местного дантиста У. Уоррингтона Эванса о присоединении его Вашингтонского стоматологического колледжа к медицинскому факультету[12], которое он выдвигал с 1870 года[13]. Медицинский факультет принял это предложение в мае 1901 года и в конце июля Вашингтонский стоматологический колледж стал факультетом университета[12]. Впоследствии он станет Стоматологической школой[англ.] заведения[13].
Во время пребывания в церкви Святого Игнатия он руководил содатством[англ.] церкви Святого Игнатия, которое распоряжалось стипендией Уильяма Р. Муллана[англ.][16]. 1912 год он провёл в Бруклине, вдали от своего прихода[8]. В мае 1916 года его здоровье стало ухудшаться[8], и часть 1917 года он прожил в Бостонском колледже в Честнат-Хилл[англ.] (штат Массачусетс)[1], где и умер 27 ноября того же года[3]. Отпевание Джона Уитни состоялось в церкви Непорочного Зачатия в Бостоне, а похоронен он был в колледже Святого Креста в Вустере[17].