В том же 1558 году участвовал в Ливонской войне. Вместе с князем Дмитрием Ивановичем Курлятевым был воеводой большого полка в Ракоборе. Русские войска захватили Кавелехт, сожгли Верполь и разгромили ливонских крестоносцев в бою под Таллином (Ревелем). Вскоре ливонский магистр Готхард фон Кетлер и военачальник рижского архиепископа Фелькерзам, собрав десятитысячное войско, осадили замок Ринген и взяли его штурмом.
В 1559 году пожалован в бояре. В 1560 году — первый воевода полка левой руки во время похода русской рати под командованием князя Ивана Фёдоровича Мстиславского на Мариенбург и другие ливонские города. В конце 1562 — начале 1563 года участвовал в походе русской армии под предводительством царя Ивана Васильевича Грозного на Полоцк, во время которого был воеводой «у наряду». Подписался на поручной записи по князю Ивану Дмитриевичу Бельскому (20 марта 1562). В 1563 году — был в Великих Луках «по вестям» в передовом полку. Подписался в поручной записи по князю Алексею Ивановичу Воротынскому (20 апреля 1563).
По словам князя Андрея Михайловича Курбского, царь Иоанн IV Грозный однажды призвал князя Михаила Петровича Репнина к себе на маскированный вечер; когда последний стал говорить ему, что «христианскому царю сие непристойно», Иван IV, надев на него маску, сказал: «Веселись, играй с нами». Но князь Михаил Репнин, сорвав и растоптав маску, сказал: «… чтобы я, боярин, стал безумствовать и бесчинствовать…» Царь через несколько дней велел убить его в церкви. Его умертвили в церкви, возле алтаря, во время чтения Евангелия, в субботу, за всенощной († 16 января 1564).
↑ 12Г.А. Власьев. Потомство Рюрика: материалы для составления родословий. СПб. Т. 1. Князья Черниговские. Ч. 2. Тип: Т-во Р. Голике и И. Вильборг. 1906 г. Репнин-Оболенский Михаил Петрович. стр. 416-417; 419.
↑А.В. Антонов. Памятники истории русского служилого сословия. - М.: Древлехранилище. 2011г. Рец. Ю.В. Анхимюк. Ю.М. Эскин. стр. 224. Сноска. стр.224. ISBN 978-5-93646-176-7.//Р.Г. Скрынников. Опричный террор. Л., 1969 г. стр. 266-288.//Р.Г. Скрынников. Царство террора. СПб., 1992 г.
↑militera.lib.ru/bio/kozlyakov_vn01/kozlyakov_vn01.html В. Н. Козляков. Василий Шуйский. ЖЗЛ. 2007
↑Репнин М. И. Князья Репнины в истории Отечества. М.2009. С.44