1982—1985 — научный сотрудник Зоологического института АН СССР
1985—1989 — старший научный сотрудник Зоологического института АН СССР
с 1989 — заведующий лабораторией паразитических червей Зоологического института АН СССР / РАН
1995—2005 — заместитель директора Зоологического института РАН по науке
1999 — защищена докторская диссертация по специальности «паразитология» (Зоологический институт РАН), тема: «Паразиты пресноводных рыб Северной Азии: фауна, экология паразитарных сообществ, зоогеография»[4]
2005—2018 — директор Зоологического института РАН
2020 — по настоящее время — научный руководитель Зоологического института РАН
Научные труды
Пугачев О. Н. Каталог паразитов пресноводных рыб Северной Азии: Простейшие. — СПб.: Зоологический институт РАН, 2001.
Пугачев О. Н., Крылов М. В., Белова Л. М. Кокцидии отряда Eimeriida рыб России и сопредельных территорий = Fish coccidia of the order Eimeriida of Russia and adjacent territories. — СПб.: Зоологический институт РАН, 2012.[4]