Псаломщик в храме Иоанна Богослова Верхне-Салдинского Завода Верхотурского уезда, затем иерей в кладбищенском Покровском храме Каменского Завода Камышловского уезда (1906).
Лектор на народных чтениях, член земского собрания, законоучитель в Вознесенском мужском училище, катехизатор по городскому благочинию (1911), член епархиального ревизионного комитета и Екатеринбургского комитета Православного миссионерского общества (1912).
Награждён скуфьей, в том числе за руководство архиерейским хором (1913).
В 1917—1918 годах член Поместного Собора Православной Российской Церкви по избранию как клирик от Владивостокской епархии, участвовал в 1-2-й сессиях, член II, III, IV, V, VII, XVII отделов и подотдела о богослужебном языке.
Осенью 1918 года служил в храме Верхне-Салдинского Завода.
В 1927—1941 годах харбинский епархиальный миссионер, противодействовал влиянию идей Н. К. Рериха.
С 1928 года инспектор Высших богословских курсов.
В 1934 году был одним из инициаторов открытия в Харбине Богословского института святого Владимира, где до 1945 года был доцентом богословского факультета по кафедре истории раскола и сектоведения. Автор пособия по основам православия для Организации русских юных разведчиков.
С 1939 по 1945 год был ректором Харбинской духовной семинарии и священником в Алексеевском храме в Модягоу (предместье Харбина).
В 1945 году отверг предложение воссоединиться с Московским патриархатом. Настоятель Благовещенского храма на Пристани, затем в с. Драгоценка (казачьем центре Трёхречья).
В 1948 году переехал в Шанхай. В 1949 году эвакуирован на филиппинский остров Тубабао.
С 1951 года настоятель домового храма Русской школы «Пробуждение» в местечке Шалифер под Парижем.
С 1964 года на покое в интернате для престарелых русских эмигрантов.
Похоронен на кладбище в Ганьи, провинция Сена-Сен-Дени.
Сочинения
По поводу статьи «О церковной проповеди в связи с современной смутой» // Екатеринбургские епархиальные ведомости. 1909. № 33.
О самообразовании духовенства // Екатеринбургские епархиальные ведомости. 1911. № 25-26.
Слово в неделю 7 по Пятидесятнице; Мольба (стихотворение) // Екатеринбургские епархиальные ведомости. 1913. № 31, 33.
Слово по 1-й кафизме // Екатеринбургские епархиальные ведомости. 1914. № 24.
Дневник паломника // Паломничество в г. Верхотурье. Екатеринбург, 1914. С. 12-69.
Вещее слово // Вестник военного и морского духовенства. 1915. № 19.
Вещий сон; Отклик Урала; На смерть друга отца Иоанна Сторожева; Страница из прошлого // Хлеб небесный. 1927. № 1-4.
Душа бессмертна; По поводу годовщины со дня смерти о. Иоанна Сторожева; Неверие // Хлеб небесный. 1928. № 2-3, 12.
Старообрядчество. Харбин, 1928.
Методизм. Харбин, 1929.
Лжесловесники. Харбин, 1930.
О теософии. Критический очерк. Харбин, 1936.
Об единоверии. Харбин, 1938.
Памяти архиепископа Виталия // Православная Русь. 1960. № 16.
Об иеромонахе Павлине // Их страданиями очистится Русь. М., 1996. С. 104—106.
Письмо // Сурский И. Отец Иоанн Кронштадтский. М., 2011. Гл. 18.
Источники
Государственный архив Хабаровского края. Р-830. Оп. 1. Д. 38108.
Екатеринбургские епархиальные ведомости. 1906. № 22; 1915. № 5; Владивостокские епархиальные ведомости. 1917. № 15/16. С. 401; № 17/18. С. 628; Вера и жизнь. 1925. № 4. С. 94.
Четверть века служения. Юбилей прот. А. Пономарёва; Письмо митр. Антония (Храповицкого) // Хлеб небесный. 1932. № 2, 7.
Благовещенский И. Протоиерей А. Пономарёв. К 35-летию священнослужения // Хлеб небесный. 1941. № 9/10.
Сумароков Е. Харбинская епархия в прошлом и настоящем // Хлеб небесный. 1942. № 5.
Сигида Н. Маленький юбилей большого русского человека // Православная Русь. 1956. № 23.
Пономарёв Н., протопр. Памяти большого священнослужителя митрофорного протоиерея отца Аристарха Пономарёва // Русская жизнь. 1967. 27 июля.
Русская мысль. 1968. 18 января.
Полански П. Русская печать в Китае, Японии и Корее. М., 2002. С. 130.
Сухарев Ю. Жизнеописание митрофорного протоиерея Аристарха Рафаиловича Пономарёва // Православие на Урале: вехи истории. Материалы Межрегиональной научно-практической конференции. Екатеринбург, 2012.
Хмыров Д. Русская Православная Церковь за границей в 20-е годы XX века: по материалам заседаний Архиерейского Синода и журнала «Церковные ведомости». СПб., 2016. С. 145, 469.
Документы Священного Собора Православной Российской Церкви 1917—1918 годов. Т. 27. Члены и делопроизводители Собора: биобиблиографический словарь / отв. ред. С. В. Чертков. — М.: Изд-во Новоспасского монастыря, 2020. — 664 с. — ISBN 978-5-87389-097-2.