↑ Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, обновлено по состоянию на 21 июня 2024 года.
1 ноября 2012 года появился в своем первом официальном матче за первую команду в матче 1/16 финала кубка Испании против «Реал Бетиса»[5]. Через десять дней он дебютировал в Ла Лиге, выйдя на замену в домшней игре против «Валенсии» (1:1)[6].
13 августа 2013 Пенья стал игроком «Гихуэло» из Сегунды B[7]. 10 июля следующего года перешёл в «Леганес», который получил повышение в Сегунду[8].
16 июня 2016 года, будучи важной фигурой в первом в истории повышении «Леганеса» в высший дивизион, Пенья подписал трехлетний контракт с «Эйбаром»[9]. Свой первый сезон завершил с 28 играми и 1 голом, а команда завершила на десятом месте[10].
4 июля 2019 года Пенья подписал пятилетний контракт с «Вильярреалом»[12]. 17 августа дебютировал в домашней игре против «Гранады», где также отметился автоголом[13].
17 июня 2022 года, когда на позиции правого защитника его опередили Хуан Фойт, Марио Гаспар и Серж Орье, Пенья достиг соглашения о расторжении своего контракта с «Вильярреалом» на три года раньше. В тот же день он подписал контракт с «Осасуной» до 2025 года[14].
↑"Rubén Peña, un centenario de Primera" [Rubén Peña, one hundred Primera appearances] (исп.). Diario de Ávila. 14 ноября 2019. Архивировано8 февраля 2021. Дата обращения: 3 февраля 2021. {{cite news}}: |archive-date= / |archive-url= несоответствие временной метки; предлагается 8 февраля 2021 (справка)