Сын купца 3-й гильдии. С самого раннего детства в нём пробудилась склонность к религиозному созерцанию.
В 19 лет он удалился в уединенное место для молитвы и размышлений и так прожил четыре года. В 1851 году, разуверившись в беглопоповстве, ушёл за границу, в Молдавию, а затем по приглашению инока Павла Белокриницкого перешёл в Белую Криницу, где и присоединился к белокриницкой иерархии.
Через некоторое время принял постриг. В 1853 году был рукоположён в сан диакона, затем возведён в архидиаконы.
После смерти инока Павла, в 1855 года, архидиакон Пафнутий удалился в Тисский монастырь для уединенной жизни и безмолвия.
В конце 1857 года по просьбе московского архиепископа Антония он отправляется в Москву, где его рукополагают в сан священноинока.
20 сентября1858 года по просьбе старообрядцев и согласно желанию архиепископа он поставлен в епископа Коломенского.
Из-за личного столкновения с некоторыми видными мирянами 7 июля1860 года по собственной просьбе освобождён от управления епархией.
В это время он вместе с другими молодыми старообрядцами всецело предался работе по распространению и укреплению старообрядчества посредством организации различных культурно-просветительских учреждений: школ, училищ, типографий и пр.
23 июня1865 года епископ Пафнутий (Овчинников) вместе с епископом Браиловским Онуфрием (Парусовым), иеромонахом Иоасафом, архидиаконом и секретарём-письмоводителем Белокриницкой митрополии Филаретом (Захаровием) и иеродьяконом Мельхиседеком, в Московском Троицком единоверческом храме, епископом Дмитровским Леонидом, викарием Московской епархии были присоединены к Православной Церкви на правах единоверия[1].
Впоследствии Пафнутий оставил единоверие, поступив в число братии Кремлёвского Чудова монастыря.
Имел природный дар слова и почти 15 лет по воскресеньям произносил проповеди, и вел миссионерские «народные беседы» с Кремлёвского Красного крыльца.
Отрицая старообрядческую раскольническую иерархию, оставался последовательным защитником «старых обрядов». Ещё будучи миссионером синодальной церкви, Пафнутий составил «Апологию христиан-старообрядцев, или рассмотрение и опровержение обвинений, возводимых на старообрядчество духовно-господствующей литературой», из-за которой у него возник конфликт со священноначалием Российской Православной Церкви и он был лишён ежегодного жалования выдававшегося за миссионерские труды против раскола.
По отзывам близко знавших его имел заносчивый и неуживчивый характер: был самолюбив, горд и властолюбив, поэтому не смог долго управлять Никольским единоверческим монастырём, потом так же настроил против себя настоятеля и братию Чудова монастыря, и даже в последнем старообрядческом Белокриницком монастыре Пафнутий настроил обитателей против себя, так, что был вынужден покинуть ограду монастыря и поселиться где-то поблизости[2].
Так же по некоторым свидетельствам до самой смерти относился недоброжелательно к старообрядческому расколу, почему и не подверг себя старообрядческому чиноприёму (формально оставаясь православным иеромонахом): Белокницкого митрополита не признавал за архиерея, посты не соблюдал и в старообрядческую церковь на богослужение ходил очень редко и даже когда приходил, то в церкви не молился и не причащался[2].
Ответы на вопросы лужковцев, 1858 г. — РГБ ОР. Ф. 247. № 389; БАН ОРРК. Ф. 75. № 92;
Ответы православной церкви на вопросы безпоповщины, 1862 г. — РГБ ОР. Ф. 247. № 395;
Замечания на статью «Вести из Москвы о старообрядцах» // Дух христианина. 1865. — № 8. — Отд. 3. Смесь. — С. 236—240 (совм. с еп. Онуфрием (Парусовым));
Объяснительные записки, поданные митр. Филарету искавшими присоединения к правосл. Церкви членами Белокриницкой иерархии в 1865 г.: Записка о. Пафнутия, епископа Коломенского // Братское слово. 1884. — № 13. — С. 165—176;
Переписка Пафнутия… с нек-рыми влиятельными в расколе лицами // Братское слово. 1885. — № 11/13;
Слово об издании книги Псалтырь со святоотеческими приложениями // Братское слово. 1894. — № 16/18. — С. 493—501;
Беседа в Белой Кринице о совр. церковных вопросах. — Черновцы, 1901.
Письма о. Пафнутия (Овчинникова)… к проф. Н. И. Субботину (1864—1876) // Чтения в Обществе истории и древностей российских. 1915. — Кн. 1. — С. 781—878;
Письмо «труженице Татьяне Борисьевне» и др. лицам от 12 янв. 1887 г. // Старообрядческий пастырь. 1914. — № 10. — С. 806—807.
Субботин Н. И. Присоединение к православию раскольнических епископов и других членов так называемой Белокриницкой иерархии. — М.: Унив. тип. (Катков и К°), 1866. − 60 с.
«Дать ответ с кротостью…» : начетчики, апологеты и писатели Русской Православной старообрядческой церкви (XIX—XX вв.). — Калуга : Фридгельм, 2023. — С. 468—474. — 639 с. — ISBN 978-5-905756-73-3. — 500 экз.