С 1836 года служил проповедником в унитарной церкви в Роксбери (Бостон). Его свободные реформаторские религиозные идеи с 1840 года публиковались в трансценденталистском журнале The Dial и вызвали возмущение в обществе, в результате через несколько лет он вынужден был отставить службу и уйти в отставку.
Его бостонская проповедь «Преходящее и постоянное в христианстве» в мае 1841 года стала широко известной и считается причиной разлада с унитариями.
Паркер побывал в Англии, Германии, Франции и Италии. В 1844 году вернулся на родину и в 1846 году стал проповедником в приходской церкви в Бостоне, этот пост он занимал до самой смерти.
Унитаристы-универсалисты почитают Теодора Паркера как «каноническую фигуру — модель пророческого священника в американской унитарной традиции».
Церковь в Вест-Роксбери, где Паркер провёл своё первое пастырское служение (1837—1846), была в 1962 году переименована в Унитарную универсалистскую церковь Теодора Паркера. Это название сохранилось и сегодня.