Партия впервые сформировала правительство территории под руководством Тони Пеникетта (1985—1992) и под руководством Пирса Макдональда[англ.] (1996—2000).
Вскоре до мая 2006 года Новая демократическая партия Юкона являлась официальной оппозицией правительству Партии Юкона в Законодательной ассамблее. На выборах 2006 года на Юконе три действующих члена ассамблеи от НДП были переизбраны, однако партия не смогла получить никаких дополнительных мест.
В январе 2009 года член собрания от НДП Джон Эдзерза[англ.] стал беспартийным, тем самым Новая демократическая партия стала занимать в парламенте всего два места. Позже Эдзерза присоединился к Партии Юкона, от которой он первоначально был избран на выборах в 2002 году.
Член партии в Законодательной ассамблее Тодд Харди[англ.] умер в июле 2010 года, сократив членство НДП в парламенте до одного места, вместo него пришла тогдашний лидер НДП Элизабет Хэнсон[англ.]. Ещё один член партии Стив Кардифф[англ.] погиб в автокатастрофе 7 июля 2011 года, снова сократив партию до одного места в ассамблее.
На выборах 2011 года Новая демократическая партия под руководством Элизабет Хэнсон избрала шесть депутатов для формирования Официальной оппозиции территории. НДП была единственной партией, которая увеличила свою долю голосов избирателей по сравнению с выборами 2006 года.
На выборах 2016 года НДП получила два места и статус третьей партии. На выборах 2021 года партия получила три места.