С 1866 по 1928 года Мугерган входил в Кюринский округ в составе Гюнейского наибства. Вместе с селом Кирка образовал Киркинское сельское общество. В 1886 году в Мугергане насчитывалось 657 человек.[21] В конце 19 века в примечетском медресе Мугергана была открыта школа, обучение в ней шло на арабском языке. В качестве предметов изучали также тюркский и персидский языки. В основном учили чтению Корана. Кроме этого давали элементарные знания по арифметике, географии, биологии и медицине. Занятия вели подготовленные в медресе и сдавшие экзамены в столице Дагестанской областиТемир-хан-Шуре учителя. В примечетской школе преподавал учёный и поэт Мола Али, творивший под псевдонимом Али Мугерганви. В 1926 году школа была закрыта в связи с открытием советской школы.[22]
После землетрясения 1966 года жители переселились на несколько километров со старого горного села на нынешнее место в долине.