Сын Кристиана Бенедикта Михаэлиса[нем.] (1680—1764), известного в своё время профессора богословия и восточных языков в Галле, среди многочисленных сочинений которого наиболее известным был трактат Tractatus criticus de variis lectionibus Novi Testamenti, caute colligendis et dijudicandis (1749).
Был профессором в Гёттингене, где в течение полустолетия читал лекции о еврейских древностях, библейской экзегетике, Моисеевом законодательстве и преподавал восточные языки. В 1751 году вместе с Альбрехтом фон Галлером основал учёное общество.
Ему принадлежит еврейская грамматика (1745), дополнения к словарям еврейского языка (1784—1792). Михаэлис перевёл и прокомментировал почти весь Ветхий Завет (1769—1783) и первым написал введение к нему. Его труд Das Mosaische Recht является первым научным исследованием еврейских древностей. Многие другие исследования помещены им в Orientalische Bibliothek (1771—1791).
Человек искренно благочестивый, Михаэлис веровал в откровение, но признавал его лишь выражением и продолжением религии естественной; допускал чудеса и пророчества, но не хотел признавать их делом Святого Духа; вообще стремился занять середину между ортодоксией и рационализмом.
Автобиография Михаэлиса издана в 1793 г., литературная переписка — в 1794—1796 гг.
Marit Borcherding, Marion Wiebel: Das Michaelishaus in Göttingen. Geschichte, Gelehrte, Gegenwart. Wallstein, Göttingen 2007. ISBN 3-8353-0300-7
Johann Matthaeus Hassencamp: Anmerkungen über die letzte Paragraphen des Hr. Hofrath Michaelis Einleitung in die göttlichen Schriften des neuen Bundes. Müller u. Weldige, Marburg 1767.
Hans Hecht: T. Percy, R. Wood und J. D. Michaelis. Ein Beitrag zur Literaturgeschichte der Genieperiode. Kohlhammer, Stuttgart 1933. (= Göttinger Forschungen; 3)
Anna-Ruth Löwenbrück: Judenfeindschaft im Zeitalter der Aufklärung: eine Studie zur Vorgeschichte des modernen Antisemitismus am Beispiel des Göttinger Theologen und Orientalisten Johann David Michaelis (1717—1791). Lang, Frankfurt am Main u.a. 1995. ISBN 3-631-48786-X
Herbert Marsh: Anmerkungen und Zusätze zu Johann David Michaelis Einleitung in die göttlichen Schriften des neuen Bundes. Aus d. Engl. ins Dt. übers. von Ernst Friedrich Karl Rosenmüller. Vandenhoeck-Ruprechtsche Buchh., Göttingen 18XX.
Friedrich Schaffstein: Johann David Michaelis als Kriminalpolitiker. Ein Orientalist am Rande der Strafrechtswissenschaft. Vandenhoeck u. Ruprecht, Göttingen 1988.