С 9 октября 1854 года он был назначен бакалавром Московской духовной академии; 31 августа 1855 года за диссертацию «О крещении чрез погружение и обливание» получил степень магистра богословия и был оставлен в Академии на кафедре Священного Писания Нового Завета.
В возрасте 29 лет, 24 февраля 1859 года, он был утверждён в должности экстраординарного профессора Московской духовной академии; 4 сентября 1860 года возведён в сан архимандрита. В течение 1856—1860 годов он одновременно состоял помощником библиотекаря Академии.
С 24 марта 1861 года по 1870 год занимал должность инспектора студентов Московской духовной академии.
За диссертацию «О Евангелии и Евангельской истории (по поводу книги Ренана „Жизнь Иисуса“)» 13 января 1872 года он получил степень доктора богословия.
С 11 февраля 1876 года был назначен ректором Московской духовной академии, а в конце этого же года — ректором Киевской духовной академии и состоял в этой должности по март 1883 года.
Евангелие от Матфея на славянском и русском наречии с предисловиями и подробными объяснительными примечаниями Епископа Михаила. — М. Синодальная типография, 1871;
Евангелие от Марка и Луки. — Киев, 1903;
Евангелие от Иоанна. — Киев, 1905;
Деяния святых апостолов на славянском и русском наречии с предисловиями и подробными объяснительными примечаниями. — Киев, 1897.
Соборные послания святых апостолов. — Киев, 1890.
Митрополия Киевская в начале своего отделения от Московской до 1854 года // Православный собеседник. — Казань, 1904, апрель, с. 4. Молитвы утренние и вечерние // Православный собеседник. — Казань, 1904, апрель.
«Библейская наука», в 11-ти книгах / Изд. под ред. Н. И. Троицкого. — Тула: Типография И. Д. Фортунатова, 1898—1905 (сборник книг еп. Лузина)
Юдин В. Д. К жизнеописанию преосвященного Михаила (Лузина), ректора МДА // Встреча. 1999. — № 10. — С. 16-21
Волков В. А., Куликова М. В., Логинов В. С. Московские профессора XVIII — начала XX веков. Гуманитарные и общественные науки. — М.: Янус-К; Московские учебники и картолитография, 2006. — С. 166. — 300 с. — 2000 экз. — ISBN 5-8037-0164-5.
Кобец О., прот., Крупенков А. Н., Крупенков Н. Ф. История Белгородской епархии. — Белгород, 2006. — С. 151—152.