С 1989 года по 2022 год — преподавательская деятельность в Московском финансовом институте (сейчас — Финансовый университет при Правительстве РФ). В 1993—2008 годах заведовал кафедрой «Ценные бумаги и финансовый инжиниринг». В 2008 году стал директором, а затем научным руководителем Института финансово-экономических исследований Финансового университета при Правительстве РФ.
С 2007 по 2016 год — научный руководитель Международной Школы Бизнеса при Финансовом Университете.[5]
Соавтор экономической программы «Стратегия роста»[8], разработанной Институтом экономики роста им. П. А. Столыпина.
В период с 2017 по 2022 год являлся членом Экспертного совета по регулированию, методологии внутреннего аудита, внутреннего контроля и управления рисками в Банке России и финансовых организациях.
25 июля 2019 года Федеральный общественно-государственный фонд по защите прав вкладчиков и акционеров был уведомлен о государственной регистрации изменений, внесенных в учредительные документы Фонда . В соответствии с решением Совета Фонда (протокол от 02 апреля 2019 года № 34), был утвержден состав Попечительского совета Фонда, в который вошел Миркин Яков Моисеевич.
11 ноября 2017 года в Государственном Кремлёвском дворце Миркин Яков Моисеевич был награжден премией «Экономист года»[11] в составе авторов «Стратегии роста».
Правонарушения на финансовом рынке: выявление, анализ и оценка ущерба / Миркин Я. М., Зубков И. В., Росляк Ю. В. — М.: «Альпина Паблишер», 2007. — 880 с. — ISBN 978-5-9614-0635-1.
Международная практика прогнозирования цен на финансовых рынках (сырье, акции, курс валют) (в соавторстве). — М.: Магистр, 2014. — 456 с. — ISBN 978-5-9776-0364-5.
Статистика финансовых рынков: учебник / Я. М. Миркин, И. В. Добашина, В. Н. Салин. — М.: Кнорус, 2016. — 250 с. — ISBN 978-5-406-05214-3.
Словари
Англо-русский толковый словарь по банковскому делу, инвестициям и финансовым рынкам / Миркин Я. М., Миркин В. Я. — М.: «Альпина Паблишер», 2006. — 424 c. — ISBN 5-9614-0270-3.
Англо-русский словарь по финансовым рынкам. 2-е изд. / Миркин Я. М., Миркин В. Я. — М.: «Альпина Паблишер», 2008. — 784 c. — ISBN 978-5-9614-0831-7.