Родился в богатой дворянской семье. В 1874 году поступил из Ахтырской прогимназии в 1-ю Харьковскую гимназию, по окончании которой в 1882 году поступил на историко-филологический факультет Харьковского университета, где окончил курс в 1888 году со степенью кандидата исторических наук. Под влиянием приехавшего из Киева Д. И. Багалея, он стал специально заниматься русской историей вообще и историей Украины в частности.
Семейные обстоятельства сложились так, что он не мог пользоваться материальной поддержкой из дома и ещё будучи студентом, в 1887 году стал работать ночным корректором в газете «Южный край». Он отклонил предложение остаться в университете по причине физического недостатка — глухоты и продолжил работу корректором после окончания университета; работая в архиве он писал статьи, которые печатал в «Южном крае». В 1890 году женился.
В 1892 году он напечатал свою первую научную статью — исторический очерк «Голштинские наборы в Малороссии», которая была опубликована в «Киевской старине». С апреля 1895 года работал помощником библиотекаря в библиотеке Харьковского университета, оставаясь сотрудником газеты — обозревателем газет и журналов.
В 1903 году он вошёл в состав редакторов газеты «Южный край». Вскоре в соавторстве с Д. И. Багалеем напечатал «Историю Харькова за 250 лет его существования», дважды удостоенную премии памяти Александра II[1].
В 1910 году был награждён орденами Св. Станислава 2-й степени и Св. Анны 2-й степени. В 1911 году Миллер был делегатом Первого Всероссийского съезда по библиотечному делу в Санкт-Петербурге.
Похоронен в Харькове на 1-м городском кладбище, после ликвидации которого, его останки были перенесены на 13-е городское кладбище[2].
Архивы Харьковской губернии. — Харьков : типо-лит. «Печ. дело» кн. К. Н. Гагарина, 1902
проф. Д. Багалей, Д. П. Миллер.Том первый (XVII-XVIII вв.) // История города Харькова за 250 лет его существования (с 1655-го по 1905-й год). Историческая монография / Паровая типография и литография М.Зильберберг и С-вья. — 1-е изд. — Харьков: Издательство Харьковскаго городского общественнаго управления, 1905. — Т. 1. — 568 с.Т. I-й (1905);
проф. Д. И. Багалей, Д. П. Миллер.Том второй (XIX-й и начало XX-го века) // История города Харькова за 250 лет его существования (с 1655-го по 1905-й год). Историческая монография. / Паровая типография и литография М.Зильберберг и С-вья. Донец-Захаржевская ул., соб.д., №6. — 1-е изд. — Харьков: Издание Харьковскаго Городского Общественнаго Управления, 1912. — Т. 2. — 980 с. — 11 000 (репринт 1993) экз. — ISBN 5-7707-4375-1 (репринт 1993).Т. II-й (1912)
Хозяева и постояльцы: (Рус. войска на Украине в XVIII в.) — Харьков : тип. «Печ. дело», 1909
Д. И. Багалей и Слободская Украина. — Харьков, 1912
Кроме этого в 1894 году он вместе с М. М. Плохинским издал в 6-м томе «Сборника Харьковского историко-филологического общества» «книгу справ поточных Стародубского магистрата (1690—1722 гг.»
современное издание
Превращение казацкой старшины в дворянство. Правящий класс Украины после ее воссоединения с Россией. — Москва: URSS: ЛЕНАНД, cop. 2015.
Примечания
↑Том 1-й вышел в 1905 году; Миллер написал в нём 5 глав: 5—8 и 10).
Биографический словарь бывших питомцев Первой Харьковской гимназии за истекшее столетие с 1805 по 1905 год / Сост. Н. А. Чеканов. — Харьков: «Русская типо-лит.», 1905. — 441 с.