В возрасте двадцати одного года Маргарита вышла замуж за своего ровесника Франсуа Клевского, графа Неверского. В 1539 году графство Невер было преобразовано в герцогство, и Франсуа и Маргарита стали герцогом и герцогиней Неверскими.
В браке Маргарита родила шестерых детей. Поскольку все её сыновья умерли в молодом возрасте, не оставив потомков, владения Франсуа Неверского унаследовали дочери.