Родился в Подольской губернии, сын Иосифа Малишевского, высланного из Варшавы за участие в Польском восстании 1863 года.
Начал своё музыкальное образование в Тифлисе у М. М. Ипполитова-Иванова. Затем изучал математику и медицину в Санкт-Петербурге, прежде чем окончательно посвятить себя музыкальной карьере. Закончил Санкт-Петербургскую консерваторию (1902) по классу композиции Н. А. Римского-Корсакова, входил в Беляевский кружок. C 1908 г. работал в Одессе: сперва как руководитель музыкальных классов Одесского отделения Русского музыкального общества (рекомендован Римским-Корсаковым), затем как директор отделения. В 1913 году основал Одесскую консерваторию, став первым её директором. Во главе консерватории в кратчайший срок поставил преподавание на высокий уровень. В 1917 году выступил с рядом важных организационных предложений на съезде директоров и старших преподавателей консерваторий в Петрограде[2]. Выступал как дирижёр, в том числе оперный.
С 1931 по 1939 гг. — профессор Варшавской консерватории. Одновременно с 1931 по 1934 гг. Малишевский — директор Музыкального отдела в Министерстве образования Польши.
Несмотря на крупный вклад Витольда Малишевского как выдающегося музыкального деятеля и педагога, в Советском Союзе его имя находилось под официальным запретом[3].
Назаренко В. Украинская страница маэстро Малишевского. Газета «День» № 143, 15 августа 2009 [1].
Игорь Малишевский, Юбилей Одесской консерватории в семейном разрезе. Известное музыкальное заведение отметило своё 90-летие и 130-летие его первого ректора. «Зеркало недели» № 50, 27 декабря 2003 [2] (недоступная ссылка)
Назаренко В. И., Вилинский Ю. С., Волосатых О. Ю. Витольд Малишевский в музыкальной жизни Украины и Польши. Часопис Национальной музыкальной академии Украины имени П. І. Чайковского. № 2(43) (2019), с.20-48 [3]