Затем, в деревни Малафеевки в Белском погосте крестьянской один двор. А ныне те дворы за господином ево, Сергеем Ивановичем Милославским в Бельском погосте Новгородского уезда по переписи 1710 года[3].
ПРЕОБРАЖЕНСКО — сельцо принадлежит коллежскому асессору Николаю Чеблокову, число жителей по ревизии: 111 м. п., 127 ж. п.[5] (1838 год)
МАЛАФЕЕВКА — деревня господина Блока, по просёлочной дороге, число дворов — 25[6] (1856 год)
ПРЕОБРАЖЕНСКОЕ (МАЛАФЬЕВКА, МАЛАФЫРКА) — деревня владельческая при ручье бызымянном, число дворов — 35, число жителей: 94 м. п., 119 ж. п.; Часовня православная[7]. (1862 год)
ПРЕОБРАЖЕНКА (МАЛАФЕЕВКА) — деревня бывшая владельческая при речке Руйке, дворов — 30, жителей — 181; часовня, кожевенный завод. (1885 год)[8]
В конце XIX века деревня административно относилась ко 2-му стануГдовского уезда Санкт-Петербургской губернии, в начале XX века — к Язвинской волости 4-го земского участка 4-го стана.
Согласно Памятной книжке Санкт-Петербургской губернии 1905 года деревня называлась Преображенско и образовывала Преображенское сельское общество[9].
С ноября 1928 года, в составе Лужицкого сельсовета[11].
По данным 1933 года деревня называлась Преображенское и входила в состав Лужецкого сельсовета Рудненского района[12]. С августа 1933 года, в составе Осьминского района.
С 1 августа 1941 года по 31 января 1944 года, германская оккупация.
С 1961 года, в составе Лужицкого сельсовета Сланцевского района.
По состоянию на 1 августа 1965 года деревня Малафьевка входила в состав Новосельского сельсовета Кингисеппского района[13]. С ноября 1965 года, в составе Новосельского сельсовета Сланцевского района[11].
По данным 1973 и 1990 годов года деревня Малафьевка входила в состав Новосельского сельсовета Сланцевского района[14][15].
В 1997 году в деревне Малафьевка Новосельской волости проживали 9 человек, в 2002 году — 14 человек (русские — 86 %)[16][17].
В 2007 году в деревне Малафьевка Новосельского СП проживали 7 человек, в 2010 году — 6 человек[18][19].