В июне 1631 женился на последней представительнице дома ЛюксембурговМаргарите Шарлотте, герцогине де Пине-Люксембург, после чего принял титул герцога. По словам герцога де Сен-Симона, по рождению он был в высшей степени достоин своей супруги, с ее же стороны второе замужество «было явно браком по любви, а так как, вступив в этот брак, она утратила и свой титул, и положение, и привилегии, то супружеская чета удалилась в великолепное владение жены Линьи, где они и прожили почти безвыездно до конца дней»[2].
Шарль-Анри «был весьма заинтересован в том, чтобы избавиться от ее детей от первого брака»[2] и передать все владения и титулы своей дочери, так как сам он был небогат, а наследство супруги пришлось бы делить на три части.
Вместе с женой и принцем Конде он организовал весьма сомнительную комбинацию по отстранению пасынка и падчерицы от наследования, после чего его дочь, ставшая единственной наследницей, в 1661 году была выдана замуж за графа де Монморанси-Бутвиля.
Согласно, Жану-Батисту Курселю, по браку Шарля-Анри с герцогиней Люксембургской дом Клермонов получил право субституции владений, достоинств, имени и герба дома Люксембургов, право, которое он передал дому Монморанси.
Шарль, бастард де Клермон, сеньор де Ла-Басти, адъютант армий короля. Жена: Эдме-Катрин де Люксембург (ок. 1641—21.06.1720), дочь Антуана, бастарда де Люксембурга, графа де Роне, и Катрин-Маргериты де Лабом. Брак бездетный
Courcelle J.-B.-P., de. De Clermont-Tonnerre, pp. 31—32 // Histoire généalogique et héraldique des pairs de France. T. VII. — P.: Arthus Bertrand, 1826.