В 1928—1940 годах выезжал в страны Азии, изучал языкмоголов в Афганистане, фольклор афганских узбеков, практически неисследованные на тот момент языки южных и восточных монголов в Китае, во Внутренней Монголии, исследовал переведённые с тибетского и хранящиеся в буддийских монастырях сборники монгольской канонической литературы (106 томов), создал первое научное описание этого ценного источника культуры (1942—1944). В 1936—1937 годах побывал в Персии и Афганистане с целью изучения архаичных монгольских языков. В 1940 году посетил Японию. В Токио и Киото изучал материалы внутренней Азии, а именно японские издания, неизвестные в Европе. Собрал ценную коллекцию монгольских, тибетских и других рукописей, хранящихся в японских библиотеках.
В 1939—1972 годах — заведующий кафедрами филологии Центральной Азии и турецкого языка Будапештского университета. С 1939 по 1950 год работал директором Восточноазиатского института, в 1941—1945 годах —директором Института венгерских исследований. С 1950 по 1972 год был заведующим Отделом Центральной Азии, и одновременно руководителем исследовательской группы Отдела Восточной Азии (с 1942 по 1961), Отделения турецкой филологии (с 1964 по 1971) и Отделением алтайских исследований Венгерской академии наук (до 1972).
Был организатором и руководителем сбора памятников монгольского языка и издания их в 14 томах, перевёл и осуществил венгерское издание «Сокровенного сказания монголов». Занимался исследованием восточных связей венгерского языка, раннего периода истории венгерского народа. Определил закономерности соответствия долгих гласных в древних и современных тюркских языках.
В своих научных трудах писал о старотюркских связях венгерского языка, о взаимодействии, так называемых, тюркских языков чувашского типа с венгерским в VI—X веках, сделал ряд выводов, обогативших чувашское языкознание основополагающими положениями, способствовавших периодизации истории чувашского языка и определению его места среди тюркских языков.
В 1949 году отмечен премией имени Кошута. С 1936 года — член-корреспондент, с 1947 — действительный член, вице-президент Венгерской академии наук (1949—1970). В 1956—1957 годах — исполнительный президент Венгерской АН.
В 1967 году награждён золотой медалью Венгерской академии наук. Был почётным доктором Будапештского (с 1982) и Сегедского университетов (с 1984). Почётный гражданин Балашшадьярмата.
5. Jüan- és Ming-kori szövegek klasszikus átírása; 1967
15. 1969
Phangs-pa írásos emlékek; Belső-ázsiai Intézet, Budapest, 1964 (Mongol nyelvemléktár)
Les voyelles longues en moghol; Akadémiai Ny., Budapest, 1964
Monuments en écriture 'phags-pa; OSZK, Bp., 1968 (Indices verborum linguae Mongolicae monumentis traditorum)
Monuments préclassiques. 1., XIIIe et XIVe siécles, 1-2.; szerk. Ligeti Lajos; Akadémiai, Budapest, 1970—1972
Mongolian studies; szerk. Ligeti Lajos; Akadémiai, Budapest, 1970 (Bibliotheca orientalis Hungarica)
Studia Turcica; szerk. Ligeti Lajos; Akadémiai, Budapest, 1971 (Bibliotheca orientalis Hungarica)
Histoire secréte des mongols. Texte en écriture ouigoure incorporé dans la chronique Altan tobči de Blo-bzan bstan-'jin; Akadémiai, Budapest, 1974 (Monumenta linguae Mongolicae collecta)
Research in Altaic languages. 14. Permanent International Altaistic Conference. Szeged, August 22-28. 1971; szerk. Ligeti Lajos; Akadémiai, Budapest, 1975 (Bibliotheca orientalis Hungarica)
A magyar nyelv török kapcsolatai és ami körülöttük van; MTA Könyvtár, Budapest, 1977
Proceedings of the Csoma de Kőrös memorial symposium. Held at Mátrafüred, 24-30. September 1976; szerk. Ligeti Lajos; Akadémiai, Budapest, 1978 (Bibliotheca orientalis Hungarica)
Keleti nevek magyar helyesírása; főszerk. Ligeti Lajos, szerk. Terjék József; Akadémiai, Budapest, 1981)
Prolegomena to the Codex Cumanicus; Akadémiai Ny., Budapest, 1981
Tibetan and Buddhist studies. Commemorating the 200th anniversary of the birth of Alexander Csoma de Kőrös, 1-2.; szerk. Ligeti Lajos, közrem. Bethlenfalvy Géza, Egyed Alice; Akadémiai, Budapest, 1984
A Codex Cumanicus mai kérdései; Kőrösi Csoma Társaság, Budapest, 1985 (Keleti értekezések)
A magyar nyelv török kapcsolatai a honfoglalás előtt és az Árpád-korban; Akadémiai, Budapest, 1986
Sárga istenek, sárga emberek. Egy év Belső-Mongólia lámakolostoraiban; előszó Hazai György, szöveggond. Furkó Zoltán; Szépirodalmi, Budapest, 1988 (Kentaur könyvek)
A mongolok titkos története; ford., előszó Ligeti Lajos, versford. Képes Géza, utószó Kara György; Osiris, Budapest, 2004