В феврале 2020 года РФС опубликовал новую структуру розыгрыша Кубка 2020/21.
Первоначально планировалось, что основная сетка Кубка будет начинаться с 1/128 финала, где должны были сыграть 54 клуба ПФЛ и 6 любительских клубов МРО, отобравшихся на региональных этапах. Они должны были образовать 20 групп по три команды и провести между собой по одному матчу. 20 победителей групп должны были выходить в 1/64 финала и после жеребьевки играть два матча на вылет. Параллельно на этой же стадии так же должны были играть 16 команд ФНЛ. 8 победителей 1/64 финала для команд ФНЛ и 2 лучших клуба ФНЛ по итогам прошлого сезона, после перешедших в РПЛ, должны были попадать напрямую в элитный групповой этап[2][3]. Но из-за пандемии COVID-19 и сжатого календаря схема квалификационного раунда претерпела изменения. Организаторы вернули привычные стадии 1/256 и 1/128 финала, в которых представители ПФЛ по итогам одного матча определяют сильнейшего. На стадии 1/64 двадцать клубов ПФЛ между собой определят 10 победителей. Так же на стадии 1/64 финала 20 клубов ФНЛ между собой определяют 10 победителей[4].
Вместо привычных стадий 1/32 и 1/16 играется элитный групповой этап, который состоит из 10 групп по 3 команды в каждой — по одной от РПЛ не участвующей в еврокубках, ФНЛ и ПФЛ[5].
Участники еврокубков стартуют с 1/8 финала. При этом они являются хозяевами полей. Со стадии 1/8 не составляется турнирная сетка, как в прошлых розыгрышах кубка. На стадиях 1/8, 1/4 и 1/2 финала пары команд определятся по результатам жеребьёвок. На всех стадиях розыгрыша кубка, если матч закончится в основное время вничью, то дополнительное время не назначается, а итог матча определяется с помощью серии пенальти[7].
Ряд положений и формулировок регламента (послематчевые пенальти, аннулирование карточек, дополнительные показатели для определения мест в группе) и проведение домашних матчей для топ-клубов в 1/8 финала в издании «Спорт-Экспресс» были подвергнуты критике[8].
Призовые выплаты
С этого сезона РФС стал выплачивать клубам вознаграждения за достижение спортивных результатов на каждой стадии кубка[9]:
за победу в 1/256 и 1/128 финала — не менее 200 000 рублей;
за победу в группе в элитном групповом раунде — не менее 1 000 000 рублей;
за победу в 1/64, 1/8 и 1/4 финала — не менее 1 000 000 рублей;
клубу, вышедшему в финал Кубка, но потерпевшему в нём поражение — не менее 5 000 000 рублей;
победителю Кубка России — не менее 20 000 000 рублей.
На стадиях 1/256, 1/128 и 1/64 финала клубы ПФЛ традиционно были разбиты по географическому принципу с целью минимизировать затраты на перемещение[4][10][11].
1/256 финала
На этой стадии в турнир вступили команды ПФЛ, которые распределились по сетке кубка.
29 июля в Доме футбола прошла жеребьёвка квалификационного раунда (1/256 и 1/128 финала), она определила хозяев полей в ранее составленной сетке турнира[12].
* Командам «Металлург» и «Носта» присуждены технические поражения в связи с выявленными положительными результатами тестов на COVID-19 у игроков данных команд[11][20].
** Матч прошёл на стадионе «Труд» в Ульяновске из-за дисквалификации стадиона КАМАЗ на одну игру Кубка России[21].
1/64 финала
На этой стадии в турнир вступили команды ФНЛ, они между собой определили 10 победителей. Команды ПФЛ аналогично между собой определили 10 победителей.
Команды ФНЛ
5 августа прошла жеребьёвка 1/64 финала Кубка России для клубов ФНЛ. По её итогам сформировались пары и определились хозяева матчей[22].
* Хозяин поля определился жеребьёвкой 21 августа[23].
Элитный групповой раунд
На этой стадии в турнир вступили 10 команд РПЛ, не игравших в еврокубках. К ним присоединились 10 команд ФНЛ и 10 команд ПФЛ, победивших на прошлой стадии кубка. Отбор происходил в 10 группах. В каждой группе играло по одной команде из РПЛ, ФНЛ и ПФЛ.
Жеребьёвка участников элитного группового раунда прошла 4 сентября.
Групповой этап прошёл в 3 тура. При этом команды из низших лиг провели матчи дома:
1-й тур. 15-17 и 23 сентября. Команды ПФЛ — команды РПЛ.
2-й тур. 30 сентября — 1 октября. Команды ПФЛ — команды ФНЛ.
3-й тур. 21-22 октября. Команды ФНЛ — команды РПЛ.
Система начисления очков и определении победителей в групповом раунде по результатам каждого матча:
за победу в основное время — 3 очка.
за ничью в основное время и победу по пенальти — 2 очка.
за ничью в основное время и поражение по пенальти — 1 очко.
за поражение в основное время очки не начисляются.
26 февраля на исполкоме РФС четвертьфинальные матчи, запланированные на 2 и 3 марта, были перенесены на 7 и 8 апреля[28]. Жеребьёвка прошла 3 марта[29].
↑На фоне ситуации, связанной с пандемией коронавируса, сезон-2019/20 был приостановлен (и доиграны только чемпионат Премьер-лиги и Кубок; в ФНЛ и ПФЛ были утверждены промежуточные результаты) и при рассмотрении вариантов его возобновления в числе прочих существовал вариант, не предусматривавший проведение розыгрыша Кубка России сезона 2020/21[6].
↑По протоколу гол записан на нападающего «Локомотива» Фёдора Смолова[31]. Хотя по видео видно, что Смолов мяча не касается[32], а СМИ в послематчевых обзорах отмечали, что это автогол[33][34][35].