Турнир стартовал со стадии первого раунда (1/32 финала), в котором встречались команды Первой и Второй лиг. В этом, а также во 2-м раунде и в 1/8 финала хозяином поля являлась команда, которая выступает в лиге, низшей по рангу. Если встречаются команды одной лиги, то хозяин поля определяется в результате жеребьёвки.
Полуфинал состоял из двух матчей, которые проводились на поле каждого из соперников. Финал турнира состоял из одного матча и игрался на нейтральном поле.
Участники турнира
Представительство участников
Раунд
Оставшихся команд
Участвует команд
Победителей из предыдущего раунда
Новые участники в этом раунде
Лиги, участвующие в этом раунде
Игровые дни по расписанию
Первый раунд
30
14
0
14
Первая, Вторая
15 июня 2016 года
Второй раунд
23
14
7
7
Первая
22-23 июня 2016 года
1/8 финала
16
16
7
9
Высшая, Первая
29 июня 2016 года
1/4 финала
8
8
8
нет
-
6 июля, 3 августа 2016 года
1/2 финала
4
4
4
нет
-
7, 9, 14 августа 2016 года
Финал
2
2
2
нет
-
18 сентября 2016 года
Клубы-участники
Для участия в розыгрыше Кубка подали заявку все 7 клубов Высшей лиги, 16 из 19 клубов Первой лиги (кроме нарынского «Ала-Тоо»-2, «Кара-Балта»-2 и бишкекского РСДЮШОР) и 7 клубов Второй лиги.
Стадия 1/32 финала. 7 команд Второй лиги принимали на своём поле команды Первой лиги, и 4 младшие по классу команды прошли дальше. Заявку на участие в турнире также подавали клубы Второй лиги «Сакалды» и «Момбеков», которые должны были играть между собой, однако ещё до начала турнира они были дисквалифицированы[1].
Стадия 1/16 финала. К 7 победителям предыдущего раунда присоединились 7 команд Первой лиги. Только 1 команда Второй лиги («Баткен») сумела пройти дальше.
Результат одного из матчей («Ала-Бука» — «Нефтчи» — 5:2) был аннулирован, и хозяевам засчитано техническое поражение. Клуб «Энергетик», который должен был играть с победителем пары «Сакалды» — «Момбеков», прошёл в следующий раунд без игры[2].
К 7 победителям предыдущего раунда присоединились 7 клубов Высшей лиги, а также клубы Первой лиги «Кара-Суу» и «Энергетик» (Кара-Куль). 3 матча не состоялись из-за отказа команд от участия. В следующую стадию прошли 2 клуба Первой лиги — «Абдыш-Ата»-2 и «Алай»-2[2].