Сын гравёра и ювелира чешского происхождения. Младший брат художника Густава Климта, одного из самых ярких представителей венского модерна. С детства увлекался живописью. По воспоминаниям современников, был близок по духу брату, который его очень любил.
Франц Иосиф I поручил Макарту роспись спальни императрицы Елизаветы на вилле Гермес в венском предместье Лайнцер Тиргартен. Живопись должна была иллюстрировать «Сон в летнюю ночь» Шекспира. Макарт выполнил множество этюдов, но расписать стены ему помешала смерть.
После смерти Ф. Лауфбергера в 1881 году он, Густав и их школьный друг Франц Мач организовали художественное товарищество, выполнившее значительное количество декоративных работ по всей империи и в столице, в том числе в городских театрах в Райхенберге, Фиуме и в Бургтеатре и Музее истории искусств на венской Рингштрассе, а два года спустя открыли собственную студию. Помимо прочего, их компания создавала занавески и росписи потолков для театров в Райхенберге, Карлсбаде и Фиуме. Они также изготовили потолочные росписи для Гермесвиллы и фрески для лестничной клетки нового Бургтеатра. В 1890 году они помогли завершить роспись лестницы Художественно-исторического музея, которую Макарт оставил незаконченной несколько лет назад. Самые заметные персональные работы Эрнста были в замках Мондзее и Пелеш в Румынии.
Создавал картины маслом и акварелью, а также рисунки, автор многих произведений прикладного искусства (настенные росписи, гобелены и т. д.).
Умер внезапно из-за заболевания перикарда. Брат Густав заботился о жене и дочери покойного и завершил его незаконченные картины. Компания была официально распущена, но Густав поддерживал профессиональные контакты с Мачем до 1900 года.
Alfred Weidinger: "Gedanken über die Gebrüder Klimt und die viktorianische Malerei." In: Schlafende Schönheit. Belvedere, Vienna 2010, pp. 113–124. ISBN 978-3-901508-83-7.
Alfred Weidinger, Agnes Husslein-Arco: Gustav Klimt und die Künstler-Compagnie. Belvedere, Vienna 2007, ISBN 978-3-901508-33-2.