Институт был основан в 1963 году в результате реорганизации Института биологии АН БССР и первоначально назывался Институт экспериментальной ботаники и микробиологии Академии наук Белорусской ССР.
В 1966 году кафедра микробиологии была выделена из состава института в самостоятельное учреждение. В 1972 году в состав Отделения физиологии и систематики низших растений АН БССР вошли три лаборатории Института экспериментальной ботаники АН БССР, учреждению было присвоено имя Василия Купревича.
Институт экспериментальной ботаники имени В. Ф. Купревича Национальной академии наук Белоруссии с момента основания входит в состав Отделения биологических наук.
Основные направления исследований
Биологические основы воспроизводства, рационального использования и охраны флоры Белоруссии
Физиолого-биохимические основы повышения продуктивности и устойчивости растений
Национальная академия наук Беларуси: 1929—1999 / Под науч. ред. Н. А. Борисевича, А. П. Войтовича. — Мн.: Беларуская навука, 1998. — С. 196—198. — ISBN 985080278-2