Село Иннокентьевка стоит на правом берегу Иннокентьевской протоки (правобережная протокаАмура). Выше села Иннокентьевка в Иннокентьевскую протоку впадает протока Ченка (течёт от села Лидога) и протока из Иннокентьевского озера. Напротив Иннокентьевки от Иннокентьевской протоки отходит протока Хоринская.
Село Джонка — спутник Иннокентьевки, находится примерно в 3 км вверх по протоке к озеру.
От села Иннокентьевка до автодороги Хабаровск — Комсомольск-на-Амуре около 15 км (на восток).