В 1584/1585 годах Заонежские погосты приобрели статус отдельного административного округа в составе Новгородского уезда, административный центр погостов — селение Ошта.
Во время шведской интервенции 1610-х годов население Заонежских погостов вело активную вооружённую борьбу с захватчиками. К лету 1614 года территория погостов была полностью освобождена от интервентов.
В 1649 году Заонежские погосты (кроме Пиркинского) вошли в состав образованного Олонецкого уезда. К концу XVII века численность населения Заонежских погостов составляла около 90 тыс. человек.
В XVIII—XIX веках территория бывших Заонежских погостов составляла особый производственный округ Олонецких горных заводов.