С 1970 года — сотрудник, а с 1980 года — руководитель сектора Института международного рабочего движения АН СССР. Член Научного совета АН СССР по истории исторической науки, активно участвовал в ряде сессий совета.
Разработку истории крестовых походов европейцев на Восток в XI—XIII веках М. А. Заборов вёл в течение всей жизни, став крупнейшим в СССР специалистом в этой области. Является автором 365 печатных работ, в том числе 14 книг.
Делал и публиковал переводы источников, писал рецензии и обзоры. Автор глав по истории крестовых походов и международных отношений в нескольких изданиях учебника по истории Средних веков для университетов.
Выступал также как популяризатор исторических знаний. Его перу принадлежат работы научно-атеистического характера.
Заборов М. А. Папство и крестовые походы / АН СССР. — М.: Изд-во АН СССР, 1960. — 264 с. — (Научно-популярная серия). — 10 000 экз.
Заборов М. А. Крестоносцы и их походы на Восток в XI — XIII веках. — М.: Учпедгиз, 1962. — 168 с. — (Школьная историческая библиотека). — 40 000 экз.
Заборов М. А. «Сыны света» и «Новый завет». — М.: Советская Россия, 1963. — 64 с. — (Отвечаем на вопросы верующих). — 60 000 экз.
Каждан А. П., Заборов М. А. У истоков веры. — М.: Советская Россия, 1964. — 94 с. — (Отвечаем на вопросы верующих). — 10 000 экз.
Заборов М. А. Введение в историографию крестовых походов: (Латинская хронография XI—XIII вв.) / Отв. ред. А. П. Каждан; АН СССР. — М.: Наука. Главная редакция восточной литературы, 1966. — 384 с.
Заборов М. А. Историография крестовых походов: (Литература XV—XIX вв.) / Институт востоковедения АН СССР. — М.: Наука, 1971. — 368, [32] с. — 2900 экз.
Заборов М. А. Как душу в плен берут. — М.: Советская Россия, 1974. — 256 с.
Группа по истории Византии при Институте истории АН СССР в 1948—1949 гг. / М. З. // Византийский временник. 1951. № 4. — C. 263—274.
Крестовые походы в русской буржуазной историографии // Византийский временник. 1951. № 4. — C. 171—190.
Об идейной борьбе вокруг исторического опыта пролетарских революций (на материалах событий Парижской коммуны) // Социальные движения и борьба идей: проблемы истории и историографии / отв. ред. М. А. Заборов. — М.: Наука, 1982. — С. 10—41.