Деревня расположена в восточной части района, примерно в 11 км к востоку от райцентра Клин, по левому берегу реки Лутосня (правый приток Сестры)[5], высота центра над уровнем моря 164 м[6]. Ближайшие населённые пункты — Меленки и Соколово на юго-западе и Струбково на северо-востоке.
По некоторым данным в Ельцово находилась усадьба Волконских[7].