Когда мой дед, сам по фамилии Владимирский, имея трёх сыновей с различными фамилиями (Катанский, Садов и Елеонский), заявил в свою очередь, что желал бы своему четвертому сыну, Федору Герасимовичу, дать фамилию «Фаворский», о. ректор пришел в негодование, воскликнув: «Что же это такое? что за пестрота? Я знаю, что твой третий сын учится в семинарии <…>, так пусть будет твой четвертый сын также Елеонский».
В свое время мы обратились <…> с просьбой рекомендовать нас в качестве кандидатов для поступления в С.-Петербургскую академию на казенный счет <…> но из канцелярии обер-прокурора Св. Синода получен был отказ, несмотря на отличную рекомендацию, данную нам со стороны семинарского начальства. Другого исхода нельзя было и ожидать после Высочайшего посещения нашей семинарии 21 августа 1858 г. Тогда мы решились ехать на свой счет, «волонтерами»
В академии получил звание магистра богословия, защитив диссертацию «О состоянии русского раскола при Петре I». После окончания Академии в 1863 году 9-м магистром XXV-го курса, преподавал в духовных семинариях: сначала — в Рижской, затем — в Казанской (преподавателем гражданской истории), и затем, с 1864 года — в Литовской. В том же 1864 году был назначен преподавателем Виленского училища для девиц духовного звания. В 1865 году стал библиотекарем Литовской духовной семинарии, а в 1867 году — членом педагогического собрания правления семинарии. Во время пребывания в Литовской семинарии в 1, 2 и 6-м томах «Археографического сборника», издававшегося при управлении Виленского учебного округа были опубликованы его краеведческие изыскания. Тогда же совместно с А. П. Демьяновичем он перевёл книгу И. И. Овербека «Свет с Востока: Взгляд на кафолическое православие сравнительно с папством и протестантством» (Вильна, 1867).
В 1870 году вступил в преподавательский состав Санкт-Петербургской духовной академии — был избран Советом академии, по представлению профессора академии И. В. Чельцова, на должность доцента академии кафедры библейской истории. В 1875 году стал экстраординарным профессором; в 1884 году защитил докторскую диссертацию по теме «История израильского народа в Египте от поселения в земле Гесем до египетских казней» (СПб., 1884) и занял должность ординарного профессора.
С началом преподавания в Петербургской академии библейская тематика стала основной в его исследовательской работе. Основной его заслугой стало введение в оборот отечественной церковной науки современных данных активно развивавшихся в то время таких дисциплин, как египтология, ассириология и др. Определяя задачу своей докторской диссертации, он, в частности, писал, что «данные египтологии <…> имеют весьма важные значения в библейском отношении, т. к. они вообще способствуют оживлению <…> библейско-исторических представлений, а в некоторых пунктах дают возможность раскрыть и восполнить слишком краткие <…> сведения, сообщаемые библейским Бытописателем». Елеонский был представителем дореволюционной школы отечественной библеистики, которая характеризовалась высоким уровнем языковой подготовки и отстаивала сложившиеся традиционные представления. Множество статей и исследований было размещено им в «Христианском чтении» и «Церковном вестнике». Он принимал участие в научном издании «Толкования на Ветхий Завет» — книги пророка Исаии (1883—1886), и в издании нового перевода «Творений св. Иоанна Златоуста» (т. V).
С 1890 по 1896 годы Ф. Г. Елеонский исполнял обязанности заведующего Санкт-Петербургской Синодальной типографией. В 1891 году получил чин действительного статского советника, в 1896 году — звание заслуженного профессора.
В 1897 году вышел в отставку и в следующем, 1898 году, был избран почётным членом Санкт-Петербургской духовной академии. Награждён орденом Св. Станислава 1-й степени.
В 1900 году он активно включился в дело издания Православной богословской энциклопедии. Также в это время он поместил ряд статей в «Церковном вестнике» о трудах Елисаветинских исправителей славянского перевода Библии.
Результаты новых изысканий в заиорданской Палестине и сев. Сирии // Там же. 1886. Ч. 1. № 5/6. С. 771—793 (отд. отт.: СПб., 1886)
Толкование на кн. прор. Исаии: Гл. XXIV. 17 — XXXVII. 30 // Там же. 1887. № 1/2 — 7/8. Прил. (совм. с И. С. Якимовым); То же: Гл. XXXVII. 30-36 // Там же. 1889. № 1/2. Прил.
Кому обязан своим происхождением древний слав. перевод нек-рых мест древнеевр. текста, сделанный с еврейского? // Там же. Ч. 2. № 10. С. 411—426; № 11. С. 573—579
↑Катанский А. Л. Воспоминания старого профессора. С 1847 по 1913 год. — Н. Новгород: Нижегородская духовная семинария, 2010. — С. 81. — 2000 экз. — ISBN 978-5-904720-03-2.
Ианнуарий (Ивлиев), иером. Вклад Санкт-Петербургской духовной академии в русскую библеистику // Богословские труды. М., 1986. Сб.: 175-летие Ленинградской духовной академии.